正所谓前人栽树，后人乘凉。
1. conda软件介绍
对于生信初学者而言，最困难的事情某过于安装各种生信软件，如果一切所有软件都能像sudo apt-get intall 或者是sudo yum install那样多好。本文就介绍了目前大家认为的最强的非root软件管理器-conda。
1.1 什么是conda
想要了解什么是conda，需要先要了解什么是Anaconda。
Anaconda是Python的科学发行版，它将各种科学计算工具整合到一个安装包之中，从而使得Python变得无比的强大，就像Linux本身也只是内核，通过整合不同的软件之后才会变得如何的实用。
Anaconda为了避免Python原生pip安装软件会出现的问题，比如说Windows下安装科学计算必备的numpy和pandas时就非常的麻烦，于是它就自己编译了好一些安装包，仅仅使用conda install就能下载编译好的二进制包。
因此，conda最开始是Anaconda提供的Python包安装管理工具哦。
1.2 为什么用conda
conda最开始只是Anaconda用于管理Python包的工具，但由于它为了避免Python包安装时出现的依赖库不全的问题，相当于又安装了一个虚拟系统，于是乎它能够管理的软件越来越多。
- 官方频道：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- conda软件管理依赖环境解决频道：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
- 生物信息软件官方频道： bioconda
- 生物信息软件清华镜像频道： https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
基本上，大部分你能想到的软件都能用conda安装，如果这些软件还不能的话，还可以基础conda环境进行编译。当然，像docker,mysql这类系统级软件，无法使用conda管理。
因此，使用conda的第一个好处就是安装方便。
第二个优点叫做，环境容易管理。 当你担心Python2会和Python3冲突的时候，使用conda专门建立一个虚拟环境（下面教程会说），相当于重新开了一台电脑工作。再也不担心Python版本冲突了。而且当你想试用最新版本的工具的时候，完全可以新建一个环境，这样子就不用担心软件不好用无法返回原先版本了。
还有一个优点就是不需要root权限，当管理员没空搭理你，或者处于系统安全考虑不能安装某一个软件的时候，conda这类不需要root权限的软件包管理器就是你最好的选择。 PS: 你当然可以选择自己编译，然后解决不断出现的依赖包缺失问题。
2. conda的安装及配置
2.1 安装Anaconda
直接从官网下载对应于自己python版本的conda即可：
~ bash Anaconda2-5.3.0-Linux-x86_64.sh
注1：miniconda是anaconda的简化版，包括最核心的一些功能，如conda
注2：选择Miniconda2和Miniconda3任一都可，因为可以通过虚拟环境创建另一个版本Python环境。
2.2 配置conda环境
先启动conda环境
source ~/miniconda3/bin/activate 添加频道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes 添加第三方频道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
安装bioconda频道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
2.3 学习conda基本操作的管理环境
搜索bwa进行安装（注意是在conda环境下（base））
conda search bwa 结果可以发现有很多bwa version可以安装，我们用以下命令安装(y代表yes）
conda install bwa -y 下一步安装软件可以先去bioconda官方网站https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes查看相应版本等 可以进行搜索，比如samtools，可以看到其很多版本，目前最高1.9（7/24/2018 4:23:35 PM ）
安装samtools
conda install samtools=1.9 -y
2.4 体验下环境的差别
echo $PATH
/home/dingli/anaconda2/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games 当前的环境是anaconda2环境，下面这个命令就是启动这个环境
source ~/anaconda2/bin/activate 现在退出miniconda3环境看，还能不能运行bwa和samtools
source deactivate 其实还是可以，因为bwa已经自动添加进环境变量了（ubuntu16.04）
2.5 总结conda安装小技巧
-1 根据软件所用的编程语言确定安装策略
-2 安装conda不要添加到环境变量中，用source activate启动
-3 官方的channel靠后，避免channel之间依赖关系混乱
-4 新建一个或多个安装环境安装生信软件
-5 国内用户利用好清华源镜像
-6 搜索生信软件用https://bioconda.github.io/
3. conda的使用
3.1 conda的基本操作
安装conda之后，我们需要学习一点最基本的conda使用方法，当然哪里不懂可以到https://docs.anaconda.com/docs_oss/conda/get-started 找到解决方法。不过我相信，下面的已经够用了。
3.2 用conda安装转录组分析软件
-hisat2 samtools sratoolkit
-htseq-count
-fastqc trimmomatics
python2环境（base）
conda install fastqc trimmomatic（conda可以同时指定两个软件安装） 注意要在python2环境下安装htseq，先启动python2环境
source activate python2
conda install htseq(/一定注意不能在python3环境安装，要启动python2环境！我不小心按了y，在python3安装完成了，然后用conda install htseq卸载）
conda install htseq -y
启动htseq-count
htseq-count
继续搜索hisat2 conda install hisat2 conda install sra-tools -y
