正所谓前人栽树，后人乘凉。

参考资料曾健明 RUNBBO

1. Perl语言基础知识入门

1.1 Perl语言介绍

Perl 是 Practical Extraction and Report Language 的缩写，可翻译为 “实用报表提取语言”。
Perl 最初的设计者为拉里·沃尔（Larry Wall），于1987年12月18日发表。
Perl 最重要的特性是Perl内部集成了正则表达式的功能，以及巨大的第三方代码库CPAN。
Perl的理念：There’s More Than One Way To Do It. (不只一种方法来做一件事)

1.2 Perl语言的发展史

Perl发展史

1.3 Perl的应用场景

文本处理：工程领域数据处理、生物学数据处理
Web网站：如Yahoo、Amazon，Web页面也是文本文件，Perl有TCP/IP通信能力
数据库处理：Perl语言有大量的拓展可以用来直接与各种主流数据库进行通信
邮件处理和FTP功能自动化
作图：Circos:http://circos.ca/ （那种很酷炫但你看不懂的圈圈图）
机器学习：http://blogs.perl.org/users/sergey_kolychev/ （内有Machine learning in Perl的几篇博文）
统计：只有想不到的，没有Perl做不到的。

1.3 生信领域Perl的学习范围和重点

我们学习Perl，主要目的就是使用Perl强大的文本处理功能来解放我们的眼睛和双手，提高工作效率；其次就是学会看懂别人用Perl写的软件，会安装依赖模块，能使用。

大致包括：

开发环境的搭建；

编写Perl程序的方法；

良好的编程习惯；

生信相关的知识要点：如何系统入门Perl-Jimmy总结

如何系统入门Perl

1.3 Perl入门参考资料

Perl语言入门（第六版) (俗称小骆驼）
Perl菜鸟教程：http://www.runoob.com/perl/perl-tutorial.html (简洁的菜鸟教程，结合小骆驼一起使用）
Perl帮助文档perldoc：http://perldoc.perl.org/perl.html (Perl自带的数千页文档）
Beginning Perl for Bioinformatics（有中文版）
Perl单行命令（可以看看CJ的QQ空间）

1.4 Perl的优缺点

优点：语法简单容易自由灵活；运行速度快，Perl解释器直接对源代码程序解释执行；免费开源；正则表达式强大；写小脚本处理文本数据方便，单行命令替代sed、awk；
缺点：内置变量符不易记忆；底层社区不活跃；优秀模块少；可读性低，不适合写大程序及团队合作；

学习Perl有点类似学习一门口语。你只需要学习少量的词汇，就能享受交流（编程）的乐趣，勤加练习（读、写代码）就能彻底掌握。你可以不必要理解Perl的每一个细节就能变得高效而多产，所以今天我们不需要很多知识要点就能完成对FASTA/FASTQ文件进行数据处理的任务。

2. 编写Perl程序相关

2.1 Perl 环境安装

我们可以在 Perl 的官网下载对应平台的安装包:https://www.perl.org/get.html。
安装方法参考：Perl 环境安装

2.2 从第一个Perl程序开始

我们将以下代码放到 hello.pl 文件中：

#!/usr/bin/perl

# 输出 "Hello, World"
print "Hello, world\n";

B: 创建好Perl文件后，在命令行上执行它。怎么执行？ perl hello.pl

2.3 良好的编程习惯

2.3.1 使用内建警告信息

一般写程序，同时加上:

use strict; 
use warnings;

在运行时，加上-w命令行 perl -w my_program.pl
程序中加上-w命令行 #/usr/bin/perl -w
对于perl5.6以后的版本，还可以通过warnings指令打开
```
#!/usr/bin/perl
use warnings;
```
若要查看更详细的问题描述，在程序中加入：use diagnostics; 自动寻找因为错误拼写造成的错误，在程序中加入：use strict;，同时还要在整个程序中用my 声明变量。

2.3.2 使用帮助文档perldoc

帮助文档是最好的Perl学习资料，当遇到不认识的标识、函数时，应首先查询帮助文档。

1: 安装perldoc说明书apt-get install perl-doc perldoc perl perldoc

2：网页版perldoc说明书Perl Programming Documentation perldoc

2.3.3 注释

**<注释的作用>：** 通过用自己熟悉的语言，在程序中对某些代码进行标注说明，这就是注释的作用，能够大大增强程序的可读性。

**<注释的分类>：**

单行注释

多行注释

2.3.4 编程的过程

一般用于提取数据的perl程序，思路如下：

1：两个输入数据：比如第一个表为geneid数据，第二个表的第一列为geneid，第二列为geneid对应的数据集表；

2：构思方法：根据已知的数据集构造以geneid为键，以geneid对应的数据集为值的哈希表；从文件中逐行读入，判断待查询的geneid号是否存在对应的键值对，如果存在的话就分别输出键和值。

3：输出数据：第一列为geneid，第二列为geneid对应的数据集的文本文件

**<小总结>：**

确定必需输入，比如用户提供的数据或信息；
对程序进行整体构思，包括程序计算输出结果的基本方法-算法；
决定结果的输出形式；
通过添加更多的细节改善整体构思。

2018-11-10-Perl入门1

Perl基础知识介绍