命令1： mkdir
用途：创建目录
实例1：mkdir do
含义：在当前目录下创建名为do的子目录
实例2：mkdir do/align
含义：在子目录do下创建名为align的子目录（子目录do已经存在）
实例3：mkdir -p hba/tree
含义：在当前目录下创建名为hba的子目录。并在子目录下创建名为tree的子目录
命令2：rmdir
用途：删除目录
实例1：rmdir tmp
含义：删除当前目录下名为tmp的子目录，该子目录中没有文件和子目录
命令3：cd
用途：改变目录
实例1：cd
含义：回到用户主目录，即登录时进入的目录
实例2：cd do
含义：进入子目录do
实例3：cd..
含义：回到上级目录
实例4：cd hba/tree
含义：直接进入子目录hba下的tree子目录
实例4：cd ../do/align
含义：进入上级目录do下的align子目录
命令4：ls
用途：显示文件或目录
实例1：ls
含义：显示当前目录下子目录和文件名
实例2：ls -l
含义：显示当前目录下子目录和文件名详细信息，包括属性、权限、大小和创建日期等。
实例3：ls *.fasta
含义：显示当前目录下所有以.fasta结尾的文件
实例4：ls hba/hba_*
含义：显示子目录hba下所有以hba_起始的文件
实例5：ls /tmp
含义：显示/tmp目录所有子目录和文件
实例6：ls -lR
含义：逐级显示当前目录及子目录下所有子目录和文件
命令5：cat
用途：显示或编辑文本文件
实例1：cat > cat1
含义：往cat1中逐行输入文本，用Ctrl-D结束输入
实例2：cat >> cat1
含义：往cat1中逐行追加文本，用Ctrl-D结束输入
实例3：cat cat1
含义：显示文本文件cat1中的内容
命令6：less
用途：显示文件内容
实例1：less 209hba.list
含义：逐屏显示文件209hba.list内容，回车进一行，空格进一页，q终止显示
命令7：cp
用途：复制文件
实例1：cp seq1 seq2
含义：将文件seq1复制到文件seq2中，保留seq1
实例2：cp *.fasta ../keep/
含义：将所有文件名以.fasta结尾的文件复制到上级目录keep子目录中
实例3：cp ../seq/hba_human.sw .
含义：将上级目录的seq子目录中名为hba_human.sw的文件复制到当前目录中
实例4：cp /tmp/tf/zmtf-pep.fasta blast/
含义：将/tmp目录中tf子目录中名为zmtf-pep.fasta的文件复制到当前目录中名为blast的子目录中
命令8：mv
用途：更改文件名或移动文件
实例1：mv seq1 seq2
含义：将文件seq1改名为seq2，不保留seq1
实例2：mv hba_human.fasta pku08s1/hba
含义：将当前目录下文件hba_human.fasta移到子目录pku08s1下得子目录hba中
命令9：rm
用途：删除文件或目录
实例1:rm seq2
含义：删除文件seq2
实例2：rm *.txt
含义：删除所有以.txt结尾的文件
实例3：rm -r temp/*
含义：删除子目录temp下所有子目录和文件，保留该目录
实例4：rm -r temp
含义：删除子目录temo和该目录下所有子目录和文件
命令10：chmod
用途：改变文件或目录权限
实例1：chmod -w ppf1.fas
含义：取消所有用户对ppf1.fas的写权限
实例2：chmod +w seq1
含义：将当前目录下seq1设置为本用户可写，其他用户权限不变
实例3：chmod -w keep/
含义：取消子目录keep写权限，不能在该目录下创建和删除文件或子目录
实例4：chmod 755 bin/*
含义：将子目录bin下所有文件设置为本用户可读可写可执行，其他用户可读可执行
