正所谓前人栽树，后人乘凉。
感谢生信技能树公众号中整理的Linux知识点。
前言 Linux特点
- 优点：批量、高效、多用户。
- 缺点：不同于通常使用习惯的Windows或者Mac系统的鼠标可视化操作。
1. Linux去可视化的命令行
top: 实时动态地查看系统的整体运行情况
sleep 10 ：睡眠10秒
&：任务在后台运行
ps -ef : 标准格式显示进程
ifconfig : 显示或配置网络设备
ls 、cd - ：回到上一个目录
tab : 补全
pwd：显示当前位置
* ：通配符
mkdir：创建目录
touch：新建文件
echo：内容打印到屏幕
rm、mv、cp、cat、head：移动、删除、复制和显示文本
> ：重定向
Ctrl +c ：终止命令
相对路径和绝对路径
df -dh : 磁盘整体使用量
su s1 #切换登录用户
exit #退出用户登录
2. Linux文本处理
wget：从指定的URL下载文件
wc : word count, 文件的Byte数、字数或是列数
head、tail、more（q退出）、cat、less（-s:单行过长超出部分不显示 - N :显示每行行号）
grep :查找符合模式的行 -n ：列出行号
cut ：选择每行指定位置输出
sort : 排序
tr：将一组字符变成另一组字符。
安装软件步骤：
mkdir 软件名
cd 软件名
wget 安装包下载地址
解压安装包（unzip/tar....）
cd 解压后的目录
make
3. Linux环境变量
3.1 方便调用命令（bowtie2）的使用方法：
第一种方法：
A. 使用 alias bowtie2=（bowtie2命令所在路径）
B. 使用时：bowtie2
第二种方法：
A. 修改环境变量 echo $PATH
export PATH="bowtie2命令所在路径/bin:$PATH" >>~/.bashrc
source ~/.bashrc
3.2 bowtie2的使用：
A. 建立索引：bowtie2-build .fa文件 索引的前缀
B. 比对：
tophat -p 8 -o 输出目录 -G 注释文件 index前缀 XXX_1.fastq XXX_2.fastq
4. Linux文本处理
4.1 grep
-f : 指定范本文件file,每一行是一个查找模式。空的file文件未指定查找模式。
-w : 只有完全符合该字的行才会被输出
-c : 统计与wc命令一样
-v : 匹配但是不打印出来
4.2 tr: 装换文件中的字符
例：tr '\t' '\n' 把制表符换成换行符
4.3 cut -f : 输出指定位置处的字节
如： cut -f 1, 31-32 , 40 info :
默认以制表符为分隔，分割并打印出info文件的 第一列 第31列到32列 第40列
-d ‘；’ ：指定分隔符（；）
4.4 sed ‘s///g’ : 替换分隔符
如：sed 's/；/\t/g' : 将分隔符的分号换成\t
4.5 paste -s -d + | bc
-s 将每个文件合并成行而不是按行粘贴
-d 指定不同于空格或tab键的域分隔符。
| bc : 在前面指定表达式就会帮助你算出来
