1. 日本晴的基因ID转换
到目前为止，主要有两个团队对日本晴全基因组进行了注释，分别是The Rice Annotation Project (RAP)（https://rapdb.dna.affrc.go.jp/index.html）和Rice Genome Annotation Project （RGAP7，MSU）（http://rice.plantbiology.msu.edu/index.shtml）。由于存在两个团队同时对日本晴的全基因组注释进行维护，因此其注释的基因数量和基因的登录号也不相同。RAP格式为“Os-Chr-g-number”，MSU格式为“LOC_Os-Chr-g-number”。
1.1 RAP和MSU格式相互转换的方法
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1.OryzaExpress：http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/OryzaExpress/ID_converter.php
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2.RAP-DB：https://rapdb.dna.affrc.go.jp/tools/converter/run
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3.PlantGSEA：http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA/
最推荐使用OryzaExpress，因为其可以在MSU、RAP及基因探针三者之间进行转换。
1.2 水稻芯片和基因ID之间的转换
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1.OryzaExpress：http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/OryzaExpress/ID_converter.php
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2.RICECHIP.ORG：http://www.ricechip.org/
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3.AGRIGO：http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/
还是最推荐使用OryzaExpress。
2.日本晴基因的功能注释
2.1 GO注释及富集分析
（1）日本晴的GO注释可使用：
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1.网站：
RAP-DB: http://rapdb.dna.affrc.go.jp MSU: http://rice.plantbiology.msu.edu -
2.软件：Interproscan等
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3.若是基因芯片，可以直接从affymtrix官网下载官方注释。
（2）日本晴的GO富集分析可使用：
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1.网站：
华大的WEGO： http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2 AGRIGO： http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/ -
2.软件：TBtools等
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3.R-Bioconductor：clusterprofiler
2.2 KEGG注释及富集分析
（1）日本晴的KEGG注释可使用：
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1.网站：
DAVID：https://david.ncifcrf.gov/ -
2.软件：Interproscan等
（2）日本晴的KEGG富集分析可使用：
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1.网站：
DAVID：https://david.ncifcrf.gov/ AGRIGO： http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/ -
2.R-Bioconductor：clusterprofiler
需要注意的是：
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（1）clusterprofiler不能用来做GO的富集分析，因为其20个物种中不包括水稻；
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（2）clusterprofiler可以用来做KEGG的富集分析，organism = dosa；
R包做水稻的KEGG分析的代码：
library(clusterProfiler)
up=read.table("up-8-22.txt",header = F,sep = "\t")
upgene=as.character(up[,1])
# 对于GID
kk <- enrichkegg(gid_list,organism='osa',keyType = 'kegg',pvalueCutoff=0.05, pAdjustMethod='BH',qvalueCutoff=0.1)
# 对于RAP_ID
kk <- enrichkegg(rap_list,organism='dosa',keyType = 'kegg',pvalueCutoff=0.05, pAdjustMethod='BH',qvalueCutoff=0.1)
write.table(ekk,"kegg.txt",sep = "\t",quote = F,row.names = F)
barplot(ekk,showCategory = 15,title = "EnrichmentKEGG")
