2019-06-30-生物信息学实用工具整理

生物信息干货

Posted by DL on June 30, 2019

参考资料:《基迪奥-生物信息学实用工具与教程》

1. 在线表格处理:

OmicShare云平台 –http://www.omicshare.com/tools/

V7C9nP.md.png

2. 简易heatmap图绘制:

OmicShare云平台 –http://www.omicshare.com/tools/

V7Cecn.png

3. 有向调控网络图(类似cytoscape):

OmicShare云平台 –http://www.omicshare.com/tools/

V7C6gA.png

4. 绘制Gene Ontology注释结果:

4.1 WEGO(华大):http://wego.genomics.org.cn/

V7Pkb6.md.png

4.2 OSGO(OmicShare云平台) –http://omicshare.com/

V7Paxs.md.png

5. RNA二级结构预测:

RNAfold web sever(在线网站) –http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi

V7P2RJ.md.png

6. 序列可视化工具:

IBS(中山大学) –http://ibs.biocuckoo.org/

V7iVLq.md.png

7. 比对序列显示工具:

ESPript3 –http://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/

V7i3l9.md.png

8. motif在线预测网站:

MEME –http://meme-suite.org/

V7idYD.md.png

9. 批量提取序列工具:

TBtools–基于java环境

V7FlAf.md.png

10. 流程图绘制工具:

Diagram Designer–小巧、免费

V7FdH0.md.png

11.韦恩图:

Venny2.1 –http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/

V7FWHx.md.png

12. 基因预测:

FGENESH –http://linux1.softberry.com/all.htm

V7kCvj.md.png

13. 绘制系统进化树:

iTOL –https://itol.embl.de/

V7kNGD.md.png

14.启动子区预测:

Promoter Scan –http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

V7kqWF.md.png

15. 蛋白质一级结构分析:

15.1 PredictProte –https://www.predictprotein.org/

V7AKFf.md.png

15.2 ExPASy-ProtParam tool –https://web.expasy.org/protparam/

V7A6mR.md.png

16. 信号肽:

SignalP –http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

V7EObR.md.png

17. 蛋白质亚细胞定位:

PSORT II Prediction –https://psort.hgc.jp/form2.html

V7EAhT.md.png

18. 蛋白质三级结构预测:

SWISS-MODEL –https://www.swissmodel.expasy.org/

V7EBUP.md.png

19. 短序列拼接:

Cap3 –http://doua.prabi.fr/software/cap3

V7VkqA.md.png

20. 多序列比对相似性展示:

SimiTriX-SimiTetra –http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php

V7Z1SO.md.png

21. 蛋白质domain

Pfam database –http://pfam.xfam.org/

V7ZfhV.md.png

22. circos图

CIRCOS –http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

V7ZHB9.md.png