参考资料:《基迪奥-生物信息学实用工具与教程》
1. 在线表格处理:
OmicShare云平台 –http://www.omicshare.com/tools/
2. 简易heatmap图绘制:
OmicShare云平台 –http://www.omicshare.com/tools/
3. 有向调控网络图(类似cytoscape):
OmicShare云平台 –http://www.omicshare.com/tools/
4. 绘制Gene Ontology注释结果:
4.1 WEGO(华大):http://wego.genomics.org.cn/
4.2 OSGO(OmicShare云平台) –http://omicshare.com/
5. RNA二级结构预测:
RNAfold web sever(在线网站) –http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi
6. 序列可视化工具:
IBS(中山大学) –http://ibs.biocuckoo.org/
7. 比对序列显示工具:
ESPript3 –http://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/
8. motif在线预测网站:
MEME –http://meme-suite.org/
9. 批量提取序列工具:
TBtools–基于java环境
10. 流程图绘制工具:
Diagram Designer–小巧、免费
11.韦恩图:
Venny2.1 –http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/
12. 基因预测:
FGENESH –http://linux1.softberry.com/all.htm
13. 绘制系统进化树:
iTOL –https://itol.embl.de/
14.启动子区预测:
Promoter Scan –http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
15. 蛋白质一级结构分析:
15.1 PredictProte –https://www.predictprotein.org/
15.2 ExPASy-ProtParam tool –https://web.expasy.org/protparam/
16. 信号肽:
SignalP –http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
17. 蛋白质亚细胞定位:
PSORT II Prediction –https://psort.hgc.jp/form2.html
18. 蛋白质三级结构预测:
SWISS-MODEL –https://www.swissmodel.expasy.org/
19. 短序列拼接:
Cap3 –http://doua.prabi.fr/software/cap3
20. 多序列比对相似性展示:
SimiTriX-SimiTetra –http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php
21. 蛋白质domain
Pfam database –http://pfam.xfam.org/
22. circos图
CIRCOS –http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/