2019.06.09 周日：
今天看到nature neuroscience上的一篇文章，题名如上，很是有趣。有些创伤可以在世代之间进行传递，比如著名的“海明威魔咒”，从生物学的角度来说，这叫做“基因的表观遗传修饰”，是可遗传的。本文以小鼠为实验对象，以刺激性气味应激为处理，使用气味惊恐分数对后代小鼠进行评估，从而证明了应激性的环境所导致的行为改变，是可以通过改变个体DNA表观修饰来遗传给下一代。
人类，作为少数有意识的生物的一种，虽然有些东西是被“写进基因里的”，但我们永远不能低估环境的效应，环境对机体和遗传的影响同样无比重要，这篇文章让我们看到了“行动改变命运”的证据，以及对宿命论的抗争。从人类本身而言，我们无法选择环境，无法选择家庭出身和自身的DNA，也无法避免困难，但是我们可以选择的是面对困难的态度和行为(是逃避还是迎难而上)。而面对困难的态度和行为，都将深深地重新塑造我们自己，这种表观层面的修饰，甚至还会遗传给我们的后代，从而改变我们自己、后代、家族的命运。
本文灵感来源：nature neuroscience 《Parental olfactory experience influences behavior and neural structure in subsequent generations》
2019.06.12 周三：
昨天看了根据喜剧改编而成的电影《Closer》，中文名为《偷心》，消极、成熟且真实。这部影片，四个主人公：一个男人（Larry），一个女人（Anna），一个男孩（Dan），一个女孩（Alice），他们以stranger的美好相识，却又以stranger的残酷结尾。性与爱的欲念交织，谎言与暧昧的哀婉共存，这些在所有爱情故事中都会存有的震颤，在本片中体现的淋漓尽致。当爱不在了，有的人选择留下，而有的人选择离开。“最终，我什么都没有留给你。而你，本可以拥有我的一切的。”
男二Larry是个遵从本能的阴谋动物，他有着野人一般的原始征服欲，以性和肉体，而非爱情，作为征服的象征，最后又将性作为报复手段，虽然片尾他看似得到了他期求中的幸福，但他也仅仅只是得到了女二的肉身罢了。
女二Anna是片中最悲惨的角色，她渴望爱情，却又带着理性的面具，在情欲和理智间煎熬，她激烈的追求过爱，也无奈的妥协过爱，最终，在命运的错落中，她携着肉身回到了Larry身边，但心已不知何方。
男一Dan，和千万帅男一样，试图在各种暧昧关系中去驾驭女人和欲望，他游走在三个女人的温柔乡中，满嘴是爱，却一直以爱为名伤害她人，也一直做着背叛之事。其实Dan很可怜，软弱贪婪像个孩子的他，并不知道自己要什么，脚踏两只船、和两个女人保持暧昧，他最爱的，还是他自己而已。
女一Jane，看似最小，却最成熟，她是精灵与幽灵的化身。她隐藏很深，从一开始就带着Alice的面具，但是在爱Dan的时候，全情投入，甚至知道Dan的长期背叛后依旧爱着他；而在不爱的时候，立刻决绝的全身而退。在片尾，Alice已死，只留下真实的Jane潇洒的走在人群中。“你觉得自己真的很爱她，其实你连她的名字都不知道。”
在爱情中的人们，性格往往那么相似，我像极了孩子般的Dan，懦弱、任性、只考虑当前的感受，而不管最终的目的。虽然迷恋爱情，但说到底还是爱自己。知乎的PearLeen说得很好，引用如下：“每个人都是残缺的。有时候虽然觉得不现实，却又那么真实。每个人的特点被放大，甚至成为个人性格的全部。不论是丑陋还是美好，被放大了之后，都是一种对爱情的消极。也许我们需要的不是对爱情本身妥协，而是在爱情面前，自己是否能够对我们每个人不健全的人格妥协：谎言对真诚的妥协，性对情的妥协，怀疑对信任的妥协，本能，对爱的妥协。”
本文灵感来源：电影 《偷心》
2019.06.14 周五：
今天发现了一个在RNA-seq原始数据质控中存在的问题，我们一直使用 Trimmomatic 软件来对NGS的fastq数据进行质控，有一个功能要引起重视：ILLUMINACLIP，PE（Paired-end）测序需要注意它的最后一个参数 keepBothReads。
keepBothReads：
只对 PE 测序的 palindrome clip 模式有效，这个参数很重要，
在上图中 D 模式下， R1 和 R2 在去除了接头序列之后剩余的部分是完全反向互补的，默认参数 false，
意味着整条去除与 R1 完全反向互补的 R2，当做重复去除掉，
但在有些情况下，例如需要用到 paired reads 的 bowtie2 流程，就要将这个参数改为 true，否则会损失一部分 paired reads。
下面以keepBothReads参数的false和true来进行数据测试：
$ java -jar trimmomatic-0.36.jar PE -phred33 F-2-test_R1.fastq.gz F-2-test_R2.fastq.gz -baseout F-2.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:51
ILLUMINACLIP: Using 1 prefix pairs, 0 forward/reverse sequences, 0 forward only sequences, 0 reverse only sequences
Input Read Pairs: 2500 Both Surviving: 1633 (65.32%) Forward Only Surviving: 828 (33.12%) Reverse Only Surviving: 12 (0.48%) Dropped: 27 (1.08%)
TrimmomaticPE: Completed successfully
# 使用 ILLUMINACLIP 默认的第六个参数 false，只有 65.32% paired reads 保留下来
$ java -jar trimmomatic-0.36.jar PE -phred33 F-2-test_R1.fastq.gz F-2-test_R2.fastq.gz -baseout F-2.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10:8:true LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:51
ILLUMINACLIP: Using 1 prefix pairs, 0 forward/reverse sequences, 0 forward only sequences, 0 reverse only sequences
Input Read Pairs: 2500 Both Surviving: 2439 (97.56%) Forward Only Surviving: 22 (0.88%) Reverse Only Surviving: 16 (0.64%) Dropped: 23 (0.92%)
TrimmomaticPE: Completed successfully
# 将 ILLUMINACLIP 第六个参数改为 true，其余所有参数均相同，结果有 97.56% paired reads 保留下来
本文参考：简书 wangpeng905 《NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明》
2019.06.17 周一：
最近快把蒋勋的《孤独六讲》看完了，我很喜欢书中对于哲学的看法，作者认为，哲学就是在复制一个文化里所有与思维有关的东西，这一下子就让我感到很释然，我本以为逻辑论证、理性思考才是哲学，原来我们日常对自己、对世界的思考，对思维的传递，也是哲学的一部分。
说起辩证法，黑格尔的正反合概念我很喜欢，书中说“正反是两极，你提出一个最右边的看法，我提出一个最左边的看法，最后两者相合。” 但处于以考试为主的教育系统下的我们，时常被要求立刻下结论，甚至是先下结论再去推导过程。我们在“是与非”、“非黑即白”这方面受到的训练太多了，使得我们很难有耐心去倾听另一方，从而得出一个“正反合”的观点。从多角度去思考、和多人去探讨，从推论的过程中，再整理出自己的想法跟看法，岂不更棒！
本文参考：蒋勋 《孤独六讲》
2019.06.20 周四：
昨天到今天都在生病发烧，没想到病还挺严重，让我卧病在床的时间大大增加，这也增加了我随意刷手机的时间。我从微信看到知乎，再从微博看到虎扑，几分钟内的信息涌入，让我被灌满了信息，并且还是那种充满加工痕迹和个人判断的粗糙品。身处所谓“信息过载”的时代的我们，判断力和思考力都越来越弱，技术在代替我们思考，甚至，在代替我们做决定，我们很容易被牵着鼻子走。记着之前白岩松在书里说，他不用微信，也不怎么回信息，顿时很佩服他，我今天下午卧病两小时，一睁眼，又是多条信息的轰炸，只得吃颗药，起身去实验室了。
我其实很喜欢短暂的失联感和孤独感，就像一个人登山时，刚开始我们会和随同的人交谈，但随着上山的脚步，空气越来越稀薄，我们自然地会把更多的精力放在保持体力上；这时，你和同伴逐渐拉开了距离，在行进中，你的心跳会越来越清晰，你的呼吸声也变得有节奏，真实的你便于此时出现。“休息时，则是完全静下来，看着连绵不断的山脉，浩浩穹苍，无尽无涯，那种孤独感就出来了，孤独感里还带点自负。你真正意识到自己的存在，是跟所有周边的存在，形成一种直观的亲密。”
心灵一旦不再那么慌张地去乱抓人来填补寂寞，我们会感觉到饱满的喜悦。这叫“孤独的圆满性”。
本文参考：蒋勋 《孤独六讲》
2019.06.22 周六：
今天从TED上看到一个观点，关于爱情。演讲者对爱情的定义为：被欲望的欲望。如何使自己被欲望？如何使自己持续地被欲望？在个人欲望的自由市场中，我们每天都在商议我们的个体价值。因此，这造成了当代人的焦虑，这也将创造出关于恋爱满意度的巨大不平等，于是，它也会产生许多孤单与失落。
每个人想让自己看起来完美，以让他人爱上自己，同时希望另一半完美，以肯定自己的价值，这会导致情人们沉迷“绩效”。但真的爱应是温柔对待彼此，即接受对方的不完美。爱是温柔对待彼此，是懂得自嘲，和彼此幽默，爱不是消费主义和自恋能代替的。
作者也在演讲中提供了一个解决办法，那就是意识到自己的一无是处。意识到自我的一无是处，我们就不用考虑被欲望，不用再一直要求被珍视，也不用再考虑恋爱的“绩效”，这会大大缓解我们的恋爱关系。
视频中还有一个风趣的观点，让我笑了半天。演讲者说：我们都假装自己是别人的偶像，但实际上我们个个都是滥竽充数之人，有点像街上的路人，他们全都表现出冷漠的样子，虽然他实际上已预期，并且算计出所有的目光都会朝向他。
本文的灵感出处：TED 杨·达拉利奥 《爱情，你们全搞错了》
2019.06.23 周日：
从书中看到，表面的自由和理性自律的自由，有着巨大的鸿沟。
拿研究哲学来说，纽约格林尼治村那帮人也在研究哲学，康德也在研究哲学，但格林尼治村那帮人实际上是一群要求性自由、吸毒自由的“垮掉的一代”，而只有康德等人，才真正是研究道德哲学的学者。康德坚定的捍卫人权，他认为人的权利之所以以不可侵犯，是因为我们是理性的存在。
如果我们仅仅追求表面的自由，比如生活方式的自由、经济交易的自由，那其实只是对欲望的服从，我们不过是欲望的奴隶。要知道，世界多少恶，都是假借正义和自由之名而行。人之所以为理性人，是因为我们的意志自由的存在，我们能够运用纯粹的实践理性，并形成一种整个人类所共同遵守的道德法则。自由意志是什么，它是当你在做一件事情的时候，完全出于自律而非他律，你只是为了这件事本身，而非任何其他的东西。
康德也把这种自由意志引申到爱情，他认为，如果你爱一个人，爱他或她让你觉得内心愉悦，那不是真正的爱情，因为你是为了得到自己的愉悦才去爱他或她的。什么是真正的爱情？真正的爱情就是爱这个人不会给你带来任何愉悦，甚至让你觉得厌恶、痛苦，但你就是为爱而爱，这才是真正的爱情。
本文大部分来自： 何帆 《先放一把火》
2019.06.25 周二：
最近从书中、视频中看到一些观点，很是有趣，特转述、分享如下：
道德是一种潜默的知识，它的秘诀在于：对适当的人，在适当的时候，出于适当的动机，做出适当的事情。一切都在于如何把握这种分寸感。智慧就是回避你的敌人，这倒不是因为怯懦或胆小，而是因为，你必须格外谨慎地选择自己的对手。选择了什么水平的对手，就会在很大程度上决定你自己的水平。看起来，辩论的双方剑拔弩张，其实，他们是一对翩翩的舞伴；他们相生相克，在同一个生态系统中共存。
为自我辩护的心理机制是认知失调：当事实和我们的信念不一致的时候，我们宁可相信自己的信念。人只相信自己愿意相信的东西。这种自我辩护机制维系着我们的自信、自尊和社会认同。
在影片《卡萨布兰卡》的结尾，伊尔莎在丈夫和情人之间难以取舍，柔肠寸断。她最后选择和丈夫离开卡萨布兰卡。她的情人里克悲伤地说：“这种遗憾或许不在今天，不在明天，但你会在余生中感受到它。”会是这样吗？不会的。伊尔莎做出哪种选择并不重要，重要的是，不管她做出哪种选择，她都会用自己的余生，为自己做出的这种选择进行辩护，同时会寻找理由，为自己没有做出另一种选择感到庆幸。这是一种正常的自我防卫。我们总不能一辈子活在自我纠结之中。尤其是，我们为自己的选择付出的代价越大，就越难以从中自拔。人的荒诞之处，在于终其一生，都在努力证明自己是不荒诞的。
尼采说：“‘我确实那样做过。’我的记忆说。‘我不可能那样做。’我的自尊犹豫不定地说。最终，我的记忆屈服了。”我们的记忆会进一步强化自我辩护。记忆不是留声机或胶带，能够如实地把曾经发生的事情记录下来。我们的记忆会不断篡改事实。奥威尔在《1984》中提到了“真理部”，真理部就是谎言部，真理部对历史的描述会不断地根据现在的立场随意修改。
社会心理学家安东尼·格林沃德说，自我易于被“极权主义自我”所控制，“极权主义自我”会无情地毁灭那些自我不愿意接受的信息，永远站在胜利者的角度重新书写历史。我们会不由自主地拔高自己，贬低对手。大部分人的记忆都有自我夸大的成分。
本文来源： 《人们所不了解的地缘政治风险》、《一场从未发生过的辩论》、《人只相信自己愿意相信的东西》。
2019.06.27 周四：
有一段时期，精神分析法非常流行，心理治疗师喜欢诱导别人，回忆自己小时候有没有受过性侵犯。奇怪的事情发生了，很多人都能记起各种迫害经历，无数冤案由此发生。联想到我自己，前阵子一直在考博、考雅思与摊下来玩之间徘徊。我使用了很多想法来劝服自己，比如“我的成绩太差，阻碍了我申请博士”、“我脑子笨，读博士不是更难”、“我又不喜欢念书”等等，但我为什么要这样做呢？这迎合了我内心深处的想法：错不在我。我的成绩差，我考不上博，我的失败，我的错误，都可以归结为别人和外物，归结到我所处的环境，归结为我本科没好好学习。人一旦形成了偏见，再想纠正这种偏见是非常困难的。
2019.06.30 周日：
今天看了Shekhar Kapur导演的一段TED，他是电影《伊丽莎白》的导演，摘录如下：
我们都只是我们讲给自己的故事。在这个宇宙里，在这种存在里，我们过着双重的生活。我们究竟存在与否？我们究竟是谁？故事，我们讲给自己的故事决定了我们存在的可能性。我们只是我们告诉自己的故事。宇宙万物也只和我们的故事一样宽广。你是谁，你能成为谁，和我们这个无穷的宇宙的关系，就在我们的故事里。
我们讲故事。没有故事的人是不存在的。爱因斯坦讲了个故事。在故事里他提出了他的理论，在理论里提出了他的方程。亚历山大的母亲告诉他一个故事，他于是征服了世界。我们所有人，每一个人，都跟随着他的故事。我们给自己讲故事。更进一步，我说我讲故事，所以我存在。因为那些故事，所以我存在此处。如果没有故事，那么我们都将消失。我们的故事决定了我们的存在。
本文出处：TED Shekhar Kapur 《我们都只是我们讲给自己的故事》
