2019-08-28-一个月能通过转录组入门生信吗?

学转录组入门生信系列文章

Posted by DL on August 28, 2019

来源:生信媛公众号。

##【专题一】通过重现Nature文献相关Figure掌握RNA-seq基本思路

前言背景

 人类外周血的造血细胞谱系都起源于造血干细胞,但是在哺乳动物胚胎中,却是谱系限制性祖细胞先出现,然后再出现造血干细胞。

 研究表明,在小鼠胚胎发育的7.5天(yolk sac时期)就出现在红系髓系祖细胞及淋巴系祖细胞,而在10.5天的时候才出现造血干细胞,这个逆分化进程的造血现象目前还没有被很好的解释, 如今,美国哈佛医学院院长George Q. Daley提出猜想并论证了在胚胎发育早期存在表观沉默导致了抑制早期多能造血干细胞的出现。

 文中论证了EZH1在造血早期起到的作用,并得到了EZH1在胚胎早期可以抑制细胞多能性这样的结论,文中使用了多种组学测序技术,包括:

  • RNA-seq

  • ChIP-seq

  • ATAC-seq

并且产出了一系列美观的图片,如下:

m7aaBn.png

我们主要利用他们的RNA-seq数据,绘制热图,火山图,气泡图和GSEA等图。

文中的数据作者已经上传至GEO database,我们可以很方便的下载并进行处理。