来源：生信媛公众号。
我们第二周目标有四个:
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整理数据RNA-seq格式
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了解数据质控
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数据比对
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read定量
首先，我们得要知道我们在转录组分析过程中会遇到很多格式，建议先通过搜索查找了解这些格式是什么
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fasta/fas/fa
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gtf/gff
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bed
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sam/bam
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csv/tsv/txt
接着，我们会在分析过程中时刻检查我们的数据质量，所以你要尝试回答下面这几个问题
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数据质控要在哪个阶段做
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不同阶段要看什么标准
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质控有哪些软件
之后，我们要将我们的二代测序结果和参考基因组/转录组进行比对，建议将比对结果用IGV进行查看
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转录组比对和基因组比对的区别
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比对有哪些工具
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什么要建立索引
比对结果中存放着每个read的位置信息，我们就可以根据位置信息来计算每个转录本的表达量
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read定量有哪些工具
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read定量分为哪几种水平
对于初学者而言，推荐的分析流程是，trimmomatic或fastp质控 -> hisat2建立索引或下载索引 -> hisat2比对 -> featureCount定量。
以上就是第二周的内容了。这一周必读篇文献是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26813401
