来源:生信媛公众号。
本周的学习简单来说可以分为两个阶段:
第一阶段:R语言入门
本周我们需要学习如何安装R语言以及如何入门,随后我们需要学习R语言的基础命令和数据类型,接着我们学习如何安装R包,查阅帮助文档;同时我们需要学习如何使用R project管理我们的项目,整合我们的数据,最后在DEseq2包的帮助下,我们使用上周学习获得的表达矩阵计算得到差异基因:
1. R语言简介及R&Rstudio安装
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什么是R,为什么要用R
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R语言下载安装
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IDE的作用,Rstudio初识
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在线资源,博客资源
2. R语言基础
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熟悉Rstudio的操作界面
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R语言的基本命令学习
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设置R的启动环境
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CRAN镜像设置
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文件的读入和写出
3. 语言入门
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Tidyverse, Deseq2, ClusterProfile, biomaRt
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R语言的数据类型与数据结构
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R包学习及安装
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后续需要用的包简介及安装
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创建脚本与保存
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R project的使用
第二阶段:R包使用及进阶学习
1. 使用Deseq2包分析RNA-seq数据得到差异基因
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读入数据,创建phone type数据,构建dds对象
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得到分析结果,过滤差异基因
2. 练习
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试着使用R语言求一个数列中的最小值
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构建一个随机矩阵,使用FPKM的计算公式理解FPKM