2019-08-28-第三周 R语言和学习DESeq2

学转录组入门生信系列文章四

Posted by DL on August 28, 2019

来源:生信媛公众号。

本周的学习简单来说可以分为两个阶段:

第一阶段:R语言入门

本周我们需要学习如何安装R语言以及如何入门,随后我们需要学习R语言的基础命令和数据类型,接着我们学习如何安装R包,查阅帮助文档;同时我们需要学习如何使用R project管理我们的项目,整合我们的数据,最后在DEseq2包的帮助下,我们使用上周学习获得的表达矩阵计算得到差异基因:

1. R语言简介及R&Rstudio安装

  • 什么是R,为什么要用R

  • R语言下载安装

  • IDE的作用,Rstudio初识

  • 在线资源,博客资源

2. R语言基础

  • 熟悉Rstudio的操作界面

  • R语言的基本命令学习

  • 设置R的启动环境

  • CRAN镜像设置

  • 文件的读入和写出

3. 语言入门

  • Tidyverse, Deseq2, ClusterProfile, biomaRt

  • R语言的数据类型与数据结构

  • R包学习及安装

  • 后续需要用的包简介及安装

  • 创建脚本与保存

  • R project的使用

第二阶段:R包使用及进阶学习

1. 使用Deseq2包分析RNA-seq数据得到差异基因

  • 读入数据,创建phone type数据,构建dds对象

  • 得到分析结果,过滤差异基因

2. 练习

  • 试着使用R语言求一个数列中的最小值

  • 构建一个随机矩阵,使用FPKM的计算公式理解FPKM