本部分来源：美芳师姐
第一部分 全基因组关联分析（GWAS）
1.Genotyping/SNP calling（基因型获取）
2.Quality Control（质量控制）（原理）
2.1 Individual level （原理）
- Gender check
- Missing check (>5%)
- Heterozygosity
- Duplication
2.2 SNP level （原理）
- Missing check (>2%)
- HWE test (<0.00001)
- MAF check (<0.01 or <0.05)
2.3 Population structure（群体分层）
- Pricipal component analysis(PCA)
3.Imputation（基因型插补）（原理）
4.GWAS & Replication（关联分析和重复）
4.1 Heritability estimation
(1)Raw data based method
(2)Summary statistics based methods
4.2 Single-trait based GWAS
- PLINK
- FUMA
- Haploview
Multi-trait based GWAS
5.Meta Analysis（荟萃分析）
第二部分 下游分析（Post GWAS）
6.Fine Mapping（精细映射）
7.Anotation（功能注释）
7.1 SNP-level
7.2 Gene-level
7.3 Comprehensive
8.Gene Enrichment（富集分析）
9.PIP（蛋白质互作网络分析）使用教程
- STRING
- Cytoscape
- PathCards
10.Selction Analysis（选择信号检测）
(1)Webset
(2)Tools
