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2018-10-15-NGS常见概念

高通量测序领域常用名词解释

正所谓前人栽树，后人乘凉。感谢铁汉前辈辛勤整理的资料。前言这是我的第一篇博文，所以准备先整理一些与NGS相关的概念。高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS） HTS是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变,一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next genera...

Posted by DL on October 15, 2018

2017-12-31-基因表达分析之富集分析

基于R包

来源：生信媛的简书（https://www.jianshu.com/p/199b44974480） 1. 前言 1.1 为何要基因富集分析在基因差异表达分析之后，我们会得到很多p值特别小（也就是显著性很高）的基因，那么下一步你想做什么？选择一些基因用于验证？对其中基因进行后续研究？在结果中把这些基因都放在后面？首先，差异表达找到的基因往往很多，...

Posted by DL on December 31, 2017

2017-10-07-《Epgenetics》（美）Allis,C.D,等著

读书笔记————第5到第11章

第五章 DNA甲基化 5.1 DNA甲基化概况 1.在真核生物中，甲基化只发生在胞嘧啶第5位的碳原子上，是由DNA甲基转移酶所催化，以S-腺苷甲硫氨酸（SAM）作为甲基供体，将甲基转移到胞嘧啶上，生成5-甲基胞嘧啶的一种反应。 2.在哺乳动物中，DNA甲基化主要发生在CpG双核苷酸序列的胞嘧啶上。 3.根据作用方式和参与反应的酶...

Posted by DL on October 7, 2017

2017-10-03-《Epgenetics》（美）Allis,C.D,等著

读书笔记————第1到4章

第一章染色质的结构和功能 1.1.2 细胞核的功能（1）核蛋白入核：细胞核定位信号（NLS）核蛋白入核分两步：核孔处结合NLS；迁移进入核质促进结合的NLS受体，可以往返于NPC（核孔复合体）。（2）蛋白质出核：核输出信号（NES）在细胞质中合成的某些蛋白质，被输入细胞核，然后再输出细胞核，这种蛋白质大多为转录因子，通过它们的定位来控制其活性。蛋白质的入核和...

Posted by DL on October 3, 2017