丁立的博客 | LiDing Blog

2018-11-07-一种搜索水稻中NBS-LRR序列的方法

以HMM模型为基础

正所谓后人总有栽树时。感谢babyding自己的不断摸索。参考：多篇水稻NBS-LRR相关的文献。 1.下载日本晴蛋白质组序列，构建本地数据库 wget http://rice.plantbiology.msu.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/vers...

Posted by DL on November 7, 2018

2018-11-06-植物免疫反应及其机制

植物先天免疫

正所谓前人栽树，后人乘凉。感谢庞志乾博士。参考：庞志乾. 水稻Pid3抗病基因介导稻瘟病免疫反应的转录组分析[D]. 中国科学院北京基因组研究所, 2013. 前言植物在和病原物长期的相互作用、相互选择和相互进化的过程中，形成了一系列复杂而又有效的防御机制，称为先天免疫（（innate immunity）。根据植物抗病反应的不同，先天免疫可以分为基础（Basa...

Posted by DL on November 6, 2018

2018-10-31-Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis

转录组分析工具大比拼（完整翻译版）

正所谓前人栽树，后人乘凉。感谢生信宝典辛勤整理的资料。摘要 RNA-sequencing (RNA-seq)是转录组研究的重要技术。自从RNA-seq技术问世以来，已经开发了大量的分析工具。虽然有有一些研究尝试评估最新的分析工具，但是还没有综合评价分析流程评估单个或组合分析工具的优劣。在这篇文章中，研究人员深入探索了大量的RNA-seq分析流程。这些流程不仅包括表达分析技...

Posted by DL on October 31, 2018

2018-10-31-Linux软件安装

用conda安装RNA-seq所需要的工具

正所谓前人栽树，后人乘凉。感谢Y大宽、徐洲更等生信前辈。 1. conda软件介绍对于生信初学者而言，最困难的事情某过于安装各种生信软件，如果一切所有软件都能像sudo apt-get intall 或者是sudo yum install那样多好。本文就介绍了目前大家认为的最强的非root软件管理器-conda。 1.1 什么是conda 想要了解什么是conda，需...

Posted by DL on October 31, 2018

2018-10-29-使用R语言分析Microarray芯片数据

Bioiconductor包分析芯片数据入门

正所谓前人栽树，后人乘凉。感谢To_2019_1_4提供的非常详尽的资料。安装R和Bioconductor包 $ sudo apt-get install r-base-core libxml2-dev libcurl4-openssl-dev curl $ R 之后在R环境中安装Bioconductor包 > # 加载Bioconductor的安装脚本 &g...

Posted by DL on October 29, 2018

2018-10-28-隐马尔科夫模型相关

HMM模型及HMMER软件的介绍

正所谓前人栽树，后人乘凉。感谢铁汉提供的有关隐马尔科夫模型的资料。其他参考来源：《HMMER3.2 Userguide》。第一部分隐马尔科夫模型（HMM）一、什么是熵熵表示物质系统状态的一种度量，用它来表征系统的无序程度。熵越大，系统越无序。熵可以表示任何一种能量在空间中分布的均匀程度，能量分布得越均匀，熵就越大。熵表现了一个系统所处状态的不确定性程度。...

Posted by DL on October 28, 2018

2018-10-20-生信分析中的常见文件格式

常见文件的格式以及查看方式

参考来源：生信宝典-lingludi 1. 前言生信分析过程中，我们会与多种不同格式的文件打交道，除了原始测序数据fastq之外，还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如bed、bed12、sam、bam、wig、bigwig、bedgraph等，生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义，以此来决定需要提取...

Posted by DL on October 20, 2018

2018-10-15-NGS常见概念

高通量测序领域常用名词解释

正所谓前人栽树，后人乘凉。感谢铁汉前辈辛勤整理的资料。前言这是我的第一篇博文，所以准备先整理一些与NGS相关的概念。高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS） HTS是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变,一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next genera...

Posted by DL on October 15, 2018

2017-12-31-基因表达分析之富集分析

基于R包

来源：生信媛的简书（https://www.jianshu.com/p/199b44974480） 1. 前言 1.1 为何要基因富集分析在基因差异表达分析之后，我们会得到很多p值特别小（也就是显著性很高）的基因，那么下一步你想做什么？选择一些基因用于验证？对其中基因进行后续研究？在结果中把这些基因都放在后面？首先，差异表达找到的基因往往很多，...

Posted by DL on December 31, 2017

2017-10-07-《Epgenetics》（美）Allis,C.D,等著

读书笔记————第5到第11章

第五章 DNA甲基化 5.1 DNA甲基化概况 1.在真核生物中，甲基化只发生在胞嘧啶第5位的碳原子上，是由DNA甲基转移酶所催化，以S-腺苷甲硫氨酸（SAM）作为甲基供体，将甲基转移到胞嘧啶上，生成5-甲基胞嘧啶的一种反应。 2.在哺乳动物中，DNA甲基化主要发生在CpG双核苷酸序列的胞嘧啶上。 3.根据作用方式和参与反应的酶...

Posted by DL on October 7, 2017

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