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Thinking will not overcome fear but action will.

2018-12-02-《Mechanisms of Gene Regulation》读书笔记

第二篇 转录因子篇（第5、6、7章）

第五章 信号转导与基因调控 潜在转录因子参与了一些重要的信号转导途径，这些途径由关键蛋白介导并以此命名，如SMAD、STAT、NFKB、Hedgehog、Wnt、Notch和NFAT。所有这些途径的关键点是转录因子从细胞质转移到细胞核。 转录因子调控网络是生物网络的一种特殊形式，它显示了多个转录因子与不同组织中的靶基因、细胞背景和时间点的复杂联系。 ...

Posted by DL on December 2, 2018

2018-12-01-《Mechanisms of Gene Regulation》读书笔记

第二篇 转录因子篇（第3、4章）

第3章 基础转录机器 3.1 核心启动子 转录因子结合到远端增强子上，招募大量辅激活因子，在成环的条件下，对靶基因的转录活动产生影响。 通过这种方式，转录因子可以接触到核心启动子区域，在核心启动子区域，PolⅡ与大量的通用转录因子组装在一起。 核心启动子位于TSS上下游50bp的一段基因组区域。 3.2 TATA框 ...

Posted by DL on December 1, 2018

2018-11-30-《Mechanisms of Gene Regulation》读书笔记

第一篇 概述（第1、2章）

第1章 介绍：什么是基因表达？ 1.1 分子生物学的中心法则 决定一个有机体命运的关键：哪些因素和信号在时间和空间上控制基因的表达。 对RNA进行定量：qPCR、Microarray、RNA-seq。 1.1 补充延伸–“组学”的定义 基因组：生物体内完整的单倍体DNA序列，由所有编码基因和更大的非编码区域组成。 转录组：一个组织或细胞...

Posted by DL on November 30, 2018

2018-11-21-编程实战题

生信技能树20个题目

正所谓前人栽树，后人乘凉。 感谢曾健明、沈梦圆提供的生信题目。 编程实战题 列出我们板块的人气最旺的20个题目，作为第五章节学习后的复习题目。 1.生信编程很简单 编程语言系统入门 生信分析人员如何系统入门python? 生信分析人员如何系统入门perl？ 生信分析人员如何系统入门R？ 生信分析人员如何系统入门Linux？ 题目 对FASTQ的...

Posted by DL on November 21, 2018

2018-11-20-生物信息学数据库资源

常用生信数据库的介绍

正所谓前人栽树，后人乘凉。 感谢铁汉前辈辛勤整理的资料。 1. 生物信息学数据库资源 1.1 前言 做数据分析常常会需要用到参考基因组和注释文件，还会需要分析公共数据，了解常见的生物信息学数据库资源也是非常有必要的！故本章首先介绍常用的参考基因组和注释文件，然后介绍生物信息常用的数据库资源如：NCBI，Ensembl，UCSC，ENCODE，GENCODE，TCGA，10...

Posted by DL on November 20, 2018

2018-11-19-生物信息学入门最佳实践

生物信息学习流程

正所谓前人栽树，后人乘凉。 感谢思考问题的熊博士提供的详细而全面的资料。 1. 前言 首先：通过可视化方法来熟练使用基于linux系统的服务器， 接着：实践两三个NGS组学数据分析流程，实践过程需要学习获得数据格式，数据库资源等生物信息学背景。 在此基础上：学习perl/python/R的编程基础，并应用于NGS组学数据分析的下游，个性化分析。 2. ...

Posted by DL on November 19, 2018

2018-11-18-NGS数据存放类型

高通量数据文件格式

正所谓前人栽树，后人乘凉。 感谢曹换换辛勤整理的资料。 1. 数据存放类型 1.1 前言 各行各业都有在自己的标准体系，生物信息学数据分析也不例外，各个厂商出品的芯片系列，还有各种NGS组学分析，都会涉及到不同的分析步骤，有着丰富多样的中间文件。其中一些常用的文件就被规定成文件格式。 文件格式那么多，都可以了解一二，当然，不需要背诵它们所有的细节，不过对下面我们单独拿出来...

Posted by DL on November 18, 2018

2018-11-16-Linux文本操作

Linux基础知识入门

正所谓前人栽树，后人乘凉。 感谢思考问题的熊。 1. linux 文本操作 主要是awk/grep/sed这三驾马车，加上vi这个神器，最后辅助一些小工具，包括 wc,cat,diff,join,paste,cut,uniq 这里 简要地整理下Linux用来处理数据文本的工具。具体命令详情请在Linux命令大全中搜索或者查阅其他相关资料。 head,tail查看...

Posted by DL on November 16, 2018

2018-11-15-Python入门

Python基础知识介绍

正所谓前人栽树，后人乘凉。 感谢曾健明提供的详细的python资料。 1. 概要 1.1 学习目标 能够完成简单的格式转换工作 了解进一步学习编程的途径 1.2 推荐资料 1. 入门 Python的教程实在是太多了，这是三个质量比较高的，选一个看就可以了。 Python教程 - 廖雪峰的官方网站 ...

Posted by DL on November 15, 2018

2018-11-14-Perl入门5

正则表达式

正所谓前人栽树，后人乘凉。 参考资料 RUNBBO 1. Perl 正则表达式介绍 正则表达式(regular expression)描述了一种字符串匹配的模式，可以用来检查一个串是否含有某种子串、将匹配的子串做替换或者从某个串中取出符合某个条件的子串等。 Perl语言的正则表达式功能非常强大，基本上是常用语言中最强大的，很多语言设计正则...

Posted by DL on November 14, 2018

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