丁立的博客 | LiDing Blog

2018-11-18-NGS数据存放类型

高通量数据文件格式

正所谓前人栽树，后人乘凉。感谢曹换换辛勤整理的资料。 1. 数据存放类型 1.1 前言各行各业都有在自己的标准体系，生物信息学数据分析也不例外，各个厂商出品的芯片系列，还有各种NGS组学分析，都会涉及到不同的分析步骤，有着丰富多样的中间文件。其中一些常用的文件就被规定成文件格式。文件格式那么多，都可以了解一二，当然，不需要背诵它们所有的细节，不过对下面我们单独拿出来...

Posted by DL on November 18, 2018

2018-11-16-Linux文本操作

Linux基础知识入门

正所谓前人栽树，后人乘凉。感谢思考问题的熊。 1. linux 文本操作主要是awk/grep/sed这三驾马车，加上vi这个神器，最后辅助一些小工具，包括 wc,cat,diff,join,paste,cut,uniq 这里简要地整理下Linux用来处理数据文本的工具。具体命令详情请在Linux命令大全中搜索或者查阅其他相关资料。 head,tail查看...

Posted by DL on November 16, 2018

2018-11-15-Python入门

Python基础知识介绍

正所谓前人栽树，后人乘凉。感谢曾健明提供的详细的python资料。 1. 概要 1.1 学习目标能够完成简单的格式转换工作了解进一步学习编程的途径 1.2 推荐资料 1. 入门 Python的教程实在是太多了，这是三个质量比较高的，选一个看就可以了。 Python教程 - 廖雪峰的官方网站 ...

Posted by DL on November 15, 2018

2018-11-14-Perl入门5

正则表达式

正所谓前人栽树，后人乘凉。参考资料 RUNBBO 1. Perl 正则表达式介绍正则表达式(regular expression)描述了一种字符串匹配的模式，可以用来检查一个串是否含有某种子串、将匹配的子串做替换或者从某个串中取出符合某个条件的子串等。 Perl语言的正则表达式功能非常强大，基本上是常用语言中最强大的，很多语言设计正则...

Posted by DL on November 14, 2018

2018-11-13-Perl入门4

Perl文件操作及特殊变量

正所谓前人栽树，后人乘凉。参考资料 RUNBBO 1. Perl文件操作 Perl 使用一种叫做文件句柄类型的变量来操作文件。从文件读取或者写入数据需要使用文件句柄。文件句柄(file handle)是一个I/O连接的名称。 Perl提供了三种文件句柄:STDIN,STDOUT,STDERR，...

Posted by DL on November 13, 2018

2018-11-12-Perl入门3

Perl条件语句及循环

正所谓前人栽树，后人乘凉。参考资料 RUNBBO 1. Perl 条件语句 Perl 条件语句是通过一条或多条语句的执行结果（True或者False）来决定执行的代码块。可以通过下图来简单了解条件语句的执行过程: 1.1 if语句一个 if 语句由一个布尔表达式后跟一个或多个语句组成。 #!/usr/bin/perl $a = 10; # 使用 if 语...

Posted by DL on November 12, 2018

2018-11-11-Perl入门2

Perl数据类型

正所谓前人栽树，后人乘凉。参考资料 RUNBBO 1. Perl变量及数据类型初识 1.1 什么是变量变量是存储在内存中的数据，创建一个变量即会在内存上开辟一个空间。解释器会根据变量的类型来决定其在内存中的存储空间，因此你可以为变量分配不同的数据类型，如整型、浮点型、字符串等。整型、浮点型、字符串又称为数字字面...

Posted by DL on November 11, 2018

2018-11-10-Perl入门1

Perl基础知识介绍

正所谓前人栽树，后人乘凉。参考资料曾健明 RUNBBO 1. Perl语言基础知识入门 1.1 Perl语言介绍 Perl 是 Practical Extraction and Report Language 的缩写，可翻译为 “实用报表提取语言”。 Perl 最初的设计者为拉里·沃尔（Larry Wall），于1987年12月18日...

Posted by DL on November 10, 2018

2018-11-09-Linux基础知识

Linux入门

正所谓前人栽树，后人乘凉。感谢Sam/铁汉1990整理的Linux资料。 1. linux的基础知识 1.1 linux 目录 Linux 文件系统包含排列在磁盘或其他区块存储设备的目录中的文件。与其他许多系统相同，Linux 系统中的目录也包含其他目录，即子目录。 Microsoft® Windows® 等系统的概念是在不同的驱动器盘符上（A:，C:，等）使用不...

Posted by DL on November 9, 2018

2018-11-08-学会使用R语言进行数据分析

R语言入门

正所谓前人栽树，后人乘凉。感谢曾健明、徐洲更、郭世朋等生信前辈的R语言资料。 1. R语言简介 1.1 R语言是什么 R 是一个有着统计分析功能及强大作图功能的软件系统，是由新西兰奥克兰大学统计学系的 Ross Ihaka 和 Robert Gentleman 共同创立，可能是因为两人首字母都是R所以就叫R语言。R语言是一门统计语言，天生就不同于其他的编程语言。R语言封装...

Posted by DL on November 8, 2018

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