丁立的博客 | LiDing Blog

2021-07-31-丁立的七月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2021.07.01 周四：马尔库塞发明了一个术语，叫做“虚假的需求”。虚假的需求不是源自你自然的生活需要，而是被市场营销制造出来的。像美国这样的发达工业社会是一种“新型的极权主义”，它不是用恐怖的手段来控制大众，而是用无尽的消费和享受来贿赂大众，让人们陷入“舒舒服服的不自由”之中，难以察觉社会对自己的控制，也就无从反抗。现在很多广告都是去营造一种联想，暗示你使用这个产品就能...

Posted by DL on July 31, 2021

2021-06-30-专业英语的Abstract

1.The promise of synthetic biology Abstract DNA synthesis has become one of the technological bases of a new concept in biology: synthetic biology. The vision of synthetic biology is a systemat...

Posted by DL on June 30, 2021

2021-06-30-丁立的六月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2021.06.01 周二：这似乎是我发现的对快乐的最准确定义。海伦找到了需要她的人；她满足了他的需要，她接受了他的爱作为回报。双方都因为给予对方需要的东西——也就是让对方幸福——而感到幸福。这不是个简单的方式，但却是我可以在自己的关系中努力争取的方式。快乐并不神秘，就是珍惜我们生活中已经拥有的东西。快乐就是养老院里的老妇人有个坐轮椅的伴侣，第19遍为她讲同样的故事。怎样才会...

Posted by DL on June 30, 2021

2021-05-31-丁立的五月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2021.05.01 周六：尽管如此，近期的研究已经推翻了“拥有”特定基因必定会产生特定行为或疾病的旧有观点。实际上，任何结果都是在许多基因的共同作用下产生的，因此单个基因的作用微乎其微。然而更重要的是，大量实验和实证研究令人信服地证明，基因表达与否（基因是否会“开启”或“关闭”）取决于我们的重复经验。也就是说，尽管我们会在某些特征方面具有遗传倾向，但这种倾向是否真的会通过基...

Posted by DL on May 31, 2021

2021-05-21-单细胞数据分析流程整理(详细代码及主要结果)

The description of scRNA-seq analysis

Here I provide a short description of the different steps of scRNAseq analysis using Seurat software (based on R). The dataset used in the analysis is GSE130973, the related paper is “Single-cell...

Posted by DL on May 21, 2021

2021-04-30-丁立的四月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2021.04.01 周四：应对尴尬第一个方法：经常让自己处于可能会感到尴尬的境地，不断地进行练习。如果你如愿以偿，感受到了尴尬，那看看一年后你是否依然活得生龙活虎。或许你会因此获得一个可以与人分享的段子。第二个方法：观察一下，你就会发现，作为旁观者，别人的尴尬对你来说其实微不足道，没有多少意义。你的尴尬在别人眼里也是如此——微不足道。本文来源：《跳出你的思维陷...

Posted by DL on April 30, 2021

2021-04-04-全基因组关联分析100个关键词

第四部分——第61到第80个关键词

本部分主要参考：[杨博士聊生信]、[生信修炼手册]、[bio生物信息] 61.GWAS中P值和beta值的关系 beta: 等位基因1的效应大小估计，也称为等位基因的效应值。 P-value: 是目标SNP与表型是否显著关联。小的P-value被视为零假设（目标SNP与表型无关系）可能不成立，即备择假设成立，也就是目标SNP与表型有关系）的证据。 GWAS...

Posted by DL on April 4, 2021

2021-04-03-全基因组关联分析100个关键词

第三部分——第41到第60个关键词

本部分主要参考：[百迈客生物]、[生信菜鸟团]、[presentlife]、[知乎-ffa]、[橙子牛奶糖]、[赵煮机] 41.GWAS相关的四个数据库基于GWAS研究，已有很多公共资源使我们受益良多。（1）GWAS ATLAS GWAS ATLAS数据库收录了来自4756个人类不同表型的GWAS结果，并进行了不同表型间的遗传相关性分析，对应的文献发表在natur...

Posted by DL on April 3, 2021

2021-04-02-全基因组关联分析100个关键词

第二部分——第21到第40个关键词

本部分主要参考：[百迈客生物]、[生信菜鸟团]、[Freescience联盟]、[生信草堂] 21.SNP‐level missingness 这是样本中缺少特定 SNP信息的个体数量。具有高度缺失的SNP 可能导致误差。 22.Sex discrepancy（性别差异）表型信息中的性别与根据基因型确定的性别之间的差异。这个差异可以验证实验室中的样品是否混淆。注...

Posted by DL on April 2, 2021

2021-04-01-全基因组关联分析100个关键词

第一部分——第1到第20个关键词（偏向群体遗传学基础知识）

本部分主要参考：[百迈客生物]、[生信菜鸟团] 1.群体是指生活在一定空间范围内，能够相互交配并生育具有正常生殖能力后代的同种个体群。群体与个体相对，是个体的共同体，不同个体按某种特征结合在一起，进行共同活动、相互交往，就形成了群体。 2.等位基因频率等位基因频率是群体遗传学的术语，用来显示一个种群中基因的多样性，或者说是基因库的丰富程度。在一个群体中，等...

Posted by DL on April 1, 2021

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2021-07-31-丁立的七月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2021-06-30-专业英语的Abstract

2021-06-30-丁立的六月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2021-05-31-丁立的五月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2021-05-21-单细胞数据分析流程整理(详细代码及主要结果)

The description of scRNA-seq analysis

2021-04-30-丁立的四月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2021-04-04-全基因组关联分析100个关键词

第四部分——第61到第80个关键词

2021-04-03-全基因组关联分析100个关键词

第三部分——第41到第60个关键词

2021-04-02-全基因组关联分析100个关键词

第二部分——第21到第40个关键词

2021-04-01-全基因组关联分析100个关键词

第一部分——第1到第20个关键词（偏向群体遗传学基础知识）

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