LiDing Blog

Thinking will not overcome fear but action will.

2021-05-31-丁立的五月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2021.05.01 周六：   尽管如此，近期的研究已经推翻了“拥有”特定基因必定会产生特定行为或疾病的旧有观点。实际上，任何结果都是在许多基因的共同作用下产生的，因此单个基因的作用微乎其微。然而更重要的是，大量实验和实证研究令人信服地证明，基因表达与否（基因是否会“开启”或“关闭”）取决于我们的重复经验。   也就是说，尽管我们会在某些特征方面具有遗传倾向，但这种倾向是否真的会通过基...

Posted by DL on May 31, 2021

2021-05-21-单细胞数据分析流程整理(详细代码及主要结果)

The description of scRNA-seq analysis

  Here I provide a short description of the different steps of scRNAseq analysis using Seurat software (based on R). The dataset used in the analysis is GSE130973, the related paper is “Single-cell...

Posted by DL on May 21, 2021

2021-04-30-丁立的四月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2021.04.01 周四： 应对尴尬   第一个方法：经常让自己处于可能会感到尴尬的境地，不断地进行练习。如果你如愿以偿，感受到了尴尬，那看看一年后你是否依然活得生龙活虎。或许你会因此获得一个可以与人分享的段子。   第二个方法：观察一下，你就会发现，作为旁观者，别人的尴尬对你来说其实微不足道，没有多少意义。你的尴尬在别人眼里也是如此——微不足道。 本文来源：《跳出你的思维陷...

Posted by DL on April 30, 2021

2021-04-04-全基因组关联分析100个关键词

第四部分——第61到第80个关键词

本部分主要参考：[杨博士聊生信]、[生信修炼手册]、[bio生物信息] 61.GWAS中P值和beta值的关系 beta: 等位基因1的效应大小估计，也称为等位基因的效应值。 P-value: 是目标SNP与表型是否显著关联。小的P-value被视为零假设（目标SNP与表型无关系）可能不成立，即备择假设成立，也就是目标SNP与表型有关系）的证据。   GWAS...

Posted by DL on April 4, 2021

2021-04-03-全基因组关联分析100个关键词

第三部分——第41到第60个关键词

本部分主要参考：[百迈客生物]、[生信菜鸟团]、[presentlife]、[知乎-ffa]、[橙子牛奶糖]、[赵煮机] 41.GWAS相关的四个数据库   基于GWAS研究，已有很多公共资源使我们受益良多。 （1）GWAS ATLAS   GWAS ATLAS数据库收录了来自4756个人类不同表型的GWAS结果，并进行了不同表型间的遗传相关性分析，对应的文献发表在natur...

Posted by DL on April 3, 2021

2021-04-02-全基因组关联分析100个关键词

第二部分——第21到第40个关键词

本部分主要参考：[百迈客生物]、[生信菜鸟团]、[Freescience联盟]、[生信草堂] 21.SNP‐level missingness   这是样本中缺少特定 SNP信息的个体数量。具有高度缺失的SNP 可能导致误差。 22.Sex discrepancy（性别差异）   表型信息中的性别与根据基因型确定的性别之间的差异。这个差异可以验证实验室中的样品是否混淆。注...

Posted by DL on April 2, 2021

2021-04-01-全基因组关联分析100个关键词

第一部分——第1到第20个关键词（偏向群体遗传学基础知识）

本部分主要参考：[百迈客生物]、[生信菜鸟团] 1.群体   是指生活在一定空间范围内，能够相互交配并生育具有正常生殖能力后代的同种个体群。群体与个体相对，是个体的共同体，不同个体按某种特征结合在一起，进行共同活动、相互交往，就形成了群体。 2.等位基因频率   等位基因频率是群体遗传学的术语，用来显示一个种群中基因的多样性，或者说是基因库的丰富程度。在一个群体中，等...

Posted by DL on April 1, 2021

2021-03-31-三月份的文献精读

一、2014年——拉美混合人群的地理结构、表型变异和自我识别（PLoS Genet） 1.Title:   Admixture in Latin America: Geographic Structure, Phenotypic Diversity and Self Perception of Ancestry Based on 7,342 Individuals 2.Backgrou...

Posted by DL on March 31, 2021

2021-03-31-丁立的三月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2021.03.01 周一：   然而，正如卡伦·霍妮所主张的那样，这样一来这个人的能量将不会用在实现真实的自己的可能性上面，而是会把能量完全用在证明“自己的完美”上面，这会转化为对自己不切实际的过高要求，继而会妨碍这个人本来拥有的能力的发展。   心理学上有一个“耶克斯—多德森定律（Yerks—Dodson Law）”。太想做一件事时，会产生出过度的紧张，这会降低行动的执行水平。人们常...

Posted by DL on March 31, 2021

2021-03-20-GWAS学习笔记系列（一）

01-分析路线图和02-表型数据清洗

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 一、GWAS分析的Outline 按照作者邓飞的理解，GWAS主要分为如下四个部分： 1.数据清洗 1.1 表型数据清洗 删除异常值 查看数据分布 数据可视化 1.2 基因型数据清洗 MAF Call rate HWE 2.关联分析 2.1 一般线性模型 2.2 混合线性模型 3.结果可...

Posted by DL on March 20, 2021

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