丁立的博客 | LiDing Blog

2021-03-20-GWAS学习笔记系列（一）

01-分析路线图和02-表型数据清洗

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我一、GWAS分析的Outline 按照作者邓飞的理解，GWAS主要分为如下四个部分： 1.数据清洗 1.1 表型数据清洗删除异常值查看数据分布数据可视化 1.2 基因型数据清洗 MAF Call rate HWE 2.关联分析 2.1 一般线性模型 2.2 混合线性模型 3.结果可...

Posted by DL on March 20, 2021

2021-03-19-GWAS操作笔记系列（三）

关联分析3-5：GLM模型进行GWAS分析+数值+因子+PCA协变量

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我本篇主要是介绍一般线性模型（LM）中的linear参数，考虑数值+因子+PCA协变量，然后将结果与R语言编程结果比较。 plink做GWAS只有两个模型可以用：GLM和logistic，前者分析数量性状，后者分析二分类性状。而现在GWAS更多使用LMM模型，这个模型plink没法做，以后几篇介绍GEMMA的操作方法。 1...

Posted by DL on March 19, 2021

2021-03-18-GWAS操作笔记系列（三）

关联分析3-4：GLM模型进行GWAS分析+数值+因子协变量

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我本篇主要是介绍一般线性模型（LM）中的linear参数，考虑数值+因子协变量，然后将结果与R语言编程结果比较。 GWAS分析时，无论是一般线性模型，还是广义线性模型，都要对协变量进行处理。数值类型的协变量（比如初生重数值协变量，PCA的值）直接加进去，因子协变量（比如不同的年份，不同的地点，场等）需要转化为虚拟变量。如果一...

Posted by DL on March 18, 2021

2021-03-17-GWAS操作笔记系列（三）

关联分析3-3：GLM模型进行GWAS分析+因子协变量

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我本篇主要是介绍一般线性模型（LM）中的linear参数，考虑因子协变量，然后将结果与R语言编程结果比较。 1.协变量文件整理第一列为FID，第二列为ID ，第三列以后为协变量（注意，只能是数值，不能是字符！）这里协变量文件为：这里第三列为性别，第四列为世代，本篇将世代作为因子，进行因子协变量的GWAS分析。 ...

Posted by DL on March 17, 2021

2021-03-16-GWAS操作笔记系列（三）

关联分析3-2：GLM模型进行GWAS分析+数值协变量

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我本篇主要是介绍一般线性模型（LM）中的linear参数，考虑数值协变量，然后将结果与R语言编程结果比较。 1.协变量文件整理第一列为FID ，第二列为ID ，第三列以后为协变量（注意，只能是数值，不能是字符！）这里协变量文件为：这里第三列为性别，第四列为世代，为了方便操作，我们将世代作为数值，直接进行协变量分析...

Posted by DL on March 16, 2021

2021-03-15-GWAS操作笔记系列（三）

关联分析3-1：GLM模型进行GWAS分析

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 1.前言之前的教程中，我们使用的是别人模拟的数据，数据类型是二分类数据，这里我们模拟一个数量性状的连续性状，做GWAS更有代表性。我们先从没有协变量的一般线性模型（LM）开始，然后加入数据类型的协变量，然后加入因子类型的协变量（这里需要进行虚拟变量的转化），然后将数值协变量和因子变量放在一起作为...

Posted by DL on March 15, 2021

2021-03-14-GWAS操作笔记系列（二）

质控2-6：去掉亲缘关系近的个体

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 1.前言这里，我们要对一些亲子关系的个体，进行一下过滤，计算类似IBS的结果。这里讲亲子关系的个体移除，不是必须要的，比如我们分析的群体里面有亲子关系的个体，想要进行分析，不需要做这一步的筛选。 2.计算pihat > 0.2的组合 plink --bfile HapMap_3_r3_10 --genome --m...

Posted by DL on March 14, 2021

2021-03-13-GWAS操作笔记系列（二）

质控2-5：杂合率检验

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 1.前言一般自然群体，基因型个体的杂合度过高或者过低，都不正常，我们需要根据杂合度进行过滤。偏差可能表明样品受到污染，近亲繁殖。我们建议删除样品杂合率平均值中偏离±3 SD的个体。参数过滤和手动过滤：plink有个特点，所有的过滤标准，都可以生成过滤前的文件，然后可以手动过滤，也可以用参数进行过滤。比如：–mi...

Posted by DL on March 13, 2021

2021-03-12-GWAS操作笔记系列（二）

质控2-4：哈温平衡检验

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 1.前言 1.1 什么是哈温平衡？哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)法则哈迪-温伯格（Hardy-Weinberg）法则是群体遗传中最重要的原理，它解释了繁殖如何影响群体的基因和基因型频率。这个法则是用Hardy,G.H (英国数学家) 和Weinberg，W.（德国医生）两位学者的姓来命名的，他们于同一年（190...

Posted by DL on March 12, 2021

2021-03-11-GWAS操作笔记系列（二）

质控2-3：MAF过滤

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 1.前言上一次我们经过去掉缺失，去掉错误的性别信息，得到的文件为：这里，我们根据最小等位基因频率（MAF）去筛选。为什么要根据MAF去筛选？最小等位基因频率怎么计算？比如一个位点有AA或者AT或者TT，那么就可以计算A的基因频率和T的基因频率，qA + qT = 1，这里谁比较小，谁就是最小等位基因频率...

Posted by DL on March 11, 2021

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