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Thinking will not overcome fear but action will.

2020-12-17-单细胞转录组初探系列二

单细胞优秀示例之Scater包

来源：生信技能树-jimmy-B站 来源：生信技能树-jimmy-github 0.引言 教程，当然是以官网为主，不过看英文笔记有挑战，简略带领大家一起学习咯： Biconductor-Scater 值得提醒的是 2017年 11 月 这个 scater 包经过了重大变革，所以如果大家看到比较旧的教程需要注意一下，通常是无法成功的。 其GitHub的教程：hemberg-la...

Posted by DL on December 17, 2020

2020-12-16-单细胞转录组初探系列一

单细胞优秀示例之scRNA-seq包

来源：生信技能树-jimmy-B站 来源：生信技能树-jimmy-github 1.安装并且加载scRNAseq if (!requireNamespace("Rtsne")) install.packages("Rtsne") if (!requireNamespace("FactoMineR")) install.packages("FactoMineR") if (...

Posted by DL on December 16, 2020

2020-12-04-文献精读6

《Dev Cell》:A Single-Cell Transcriptomic Atlas of Human Skin Aging

文章信息：Resource, Published: November 24, 2020 Highlights 人类皮肤衰老的单细胞转录landscapes 皮肤衰老过程中细胞类型特异性转录网络的失调 HES1或KLF6的细胞类型特异性下调可加速衰老 槲皮素促进衰老的皮肤成纤维细胞的再生 Summar...

Posted by DL on December 4, 2020

2020-11-30-丁立的十一月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2020.11.01 周日：   “超越”“永不放弃”，这就是刘翔的人设。凡事皆有代价，因为这个人设他可以轻松获得巨额代言合同，可以受到万众崇拜，但当他的行为有违这个设定的时候必然也会遭到人们的恶语中伤。   我们总说要勇于做自己，但人生在世，最难的事恰恰就是做自己。因为在别人眼里我们不是“人”，而是他们所认可的“人物设定”，简称“人设”。而这个人设，其实就是人们对我们贴上的“标签”的集...

Posted by DL on November 30, 2020

2020-11-13-Integration and Label Transfer

Seurat_3.0包学习笔记（二）

资料来源：bioinfomics公众号 Seurat3可以对多个单细胞测序数据集进行整合分析，这些方法可以对来自不同的个体、实验条件、测序技术甚至物种中收集来的数据进行整合，旨在识别出不同数据集之间的共享细胞状态(shared cell states)。 这些方法首先识别出不同数据集对之间的“锚(anchors)”，这些anchors代表了个体细胞之间成对的对应...

Posted by DL on November 13, 2020

2020-11-10-Guided Clustering Tutorial

Seurat_3.0包学习笔记（一）

资料来源：bioinfomics公众号 Seurat is an R package designed for QC, analysis, and exploration of single-cell RNA-seq data. Seurat aims to enable users to identify and interpret sources of heterog...

Posted by DL on November 10, 2020

2020-11-02-GWAS系列文章三

Chip Data QC Pipeline

零、背景介绍 0.1 bed/bim/fam格式 0.1.1 bed文件 bed:Primary representation of genotype calls at biallelic variants. （真实的bed文件是二进制的，比较难读） Must be accompanied by .bim and .fam files. Loaded with –bfil...

Posted by DL on November 2, 2020

2020-10-31-丁立的十月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2020.10.01 周四：   “第二座山”是布鲁克斯发明的概念。他说人生要爬两座山，第一座山是关于“自我（ego）”的，你希望自己越来越成功、越来越厉害，要实现自我，获得幸福。第二座山，却是关于别人的，是关于“失去自我”的：你为了别人，或者为了某个使命，而宁可失去自我。专注于第一座山的人未必能想明白为啥要爬第二座山，但是你终将明白。   第一座山有两种爬法。   一种是像王枫这样，...

Posted by DL on October 31, 2020

2020-10-28-Skin_traits_preanalysis

R代码整理

1.Venn图 Draw Venn Diagram 2.Summary_description skin_data <- read.table(file="your file",sep="\t",header=T,row.names=1) summary_result <- summary(skin_data) write.csv(summary_result,file="...

Posted by DL on October 28, 2020

2020-10-09-RNA-seq转录组数据分析入门

入门知识及实战pipline

一、RNA-seq分析的介绍 1. Recent Developments 1.1 Advances in RNA-seq technologies 1.2 Different Pipelines 1.3 General Workflow 2. Prerequisite knowledge 2.1 Data Format (1) FASTA ...

Posted by DL on October 9, 2020

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