LiDing Blog

Thinking will not overcome fear but action will.

2020-08-25-早教军备竞赛的科学结论

全文转载

本文来源：《精英日课第三季》，万维钢 著，得到精品课。   现在中国学龄前儿童的家长们正在面临一场军备竞赛。我们这一讲要说的是这是一场愚蠢的比赛，聪明理性的人不应该参加。周围大多数人都在做的事情，不一定就是对的事情。   当前中国国情，学习的竞争早就发生在小学入学之前，而学习班的市场已经覆盖到了零至三岁。四岁开始学英语，五岁会算数学题似乎是新标准。据说有的小学已经不好好教汉语拼音...

Posted by DL on August 25, 2020

2020-08-25-JoVE Core 生物学系列课程分享1

第一部分-基本原理（第1、第2和第3章）

来源：JoVE Core 第1章 科学探究 1.1 什么是生物学？ 生物学是一门自然科学，专注于生命和生物的研究，包括它们的结构，功能，发展，相互作用，进化，分布和分类。 该领域的范围很广泛，分为几个专业学科，如解剖学，生理学，行为学，遗传学等等。 所有生物都有一些共同的关键特征：细胞组织、可遗传的遗传物质和适应/进化的能力、调节能量需求的新陈代谢、与环境互动的能力、维持体内...

Posted by DL on August 25, 2020

2020-08-21-全基因组重测序基础及高级分析知识汇总

生信类最新分享

来源：微笑如酒的360doc文档 1.背景   借着2月8号，刚刚在Nature上发表柑橘的遗传进化的文章，小编来讲述一下全基因组重测序基础知识，以及常见的分析思路及软件，帮助大家迅速入门。   全基因组重测序是通过对已有参考序列（Reference Sequence）的物种的不同个体进行基因组测序，并以此为基础进行个体或群体水平的遗传差异性分析。通过全基因组重测序，研...

Posted by DL on August 21, 2020

2020-08-09-为什么新一代女生容易抑郁

全文转载

本文来源：《精英日课第三季》，万维钢 著，得到精品课。   一代人有一代人的新问题。我在大学毕业之前好像就没听说过“抑郁症”这个词。抑郁症变成流行词汇之后，有的人还以为这是一种时髦的矫情，是为了吸引注意力而故作姿态。我曾经一度认为抑郁症是现代医学过度诊断的结果。三十年以前那些为生活奔忙的人，那些天天念叨工作和房子的人，那些从事集体劳动的工人和农民，那些连温饱都没解决的人，他们没得什...

Posted by DL on August 9, 2020

2020-07-31-丁立的七月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2020.07.01 周三：   我们常常会有一个错误概念，我们花出去的时间、耗费的精力、花费的金钱，并没有回报。但其实我们的时间、精力、注意力等，在某种意义上来说都是一种投资，并不是简单地花掉。投资行为最核心的特点，就是需要取得回报，并且最好是成倍的回报。投资这个思考角度会让你对于自己的人生使用得更加淋漓尽致。   有条不紊地奋斗前行，舒展从容得恬静人生。   处处有机会，就等于处处...

Posted by DL on July 31, 2020

2020-07-20-GWAS系列文章二

GWAS的分析基本流程及分析思路

参考资料：橙子牛奶糖的博客 1. 数据预处理（DNA genotyping、Quality control、imputation） QC的工作可以用PLINK完成，Imputation的工作可以用IMPUTE2完成。 2. 表型数据统计分析 逻辑回归（表型数据为二元） 线性回归（表型数据为连续性变量） ...

Posted by DL on July 20, 2020

2020-07-13-基于Salmon+DESeq2的转录组分析流程

实践生物信息学系列文章一

参考资料：实践生物信息学 第一部分 使用Salmon对RNA-seq测序数据进行定量 1.1 整体流程 1.2 基因定量工具-Salmon的优势 定量时考虑到不同样品中基因长度的改变（比如不同isoform的使用） 速度快，需要的计算资源和存储资源小 敏感性高，不会丢弃匹配到多个基因同源区域的reads ...

Posted by DL on July 13, 2020

2020-07-07-R Graphics Cookbook读书笔记2

第三章-条形图

参考资料：R Graphics Cookbook, 2nd edition 第三章 条形图（Bar Graphs）   条形图可能是最常用的数据可视化类型。它们通常用于显示不同类别（在x轴上）的数值（在y轴上）。举例来说，条形图可以很好地显示四种不同商品的价格。但是，条形图通常不适合显示随时间变化的价格（因为时间是一个连续变量）。   在制作条形图时，有一点需要意识到：条形图的...

Posted by DL on July 7, 2020

2020-07-02-R Graphics Cookbook读书笔记1

第一章-R语言基础和第二章-快速浏览数据

参考资料：R Graphics Cookbook, 2nd edition 第一章 R语言基础 1.1 软件及依赖包的安装 install.packages("tidyverse") install.packages("gcookbook") 1.2 加载R包 library(ggplot2) library(dplyr) library(gcookbook) 1...

Posted by DL on July 2, 2020

2020-06-23-GWAS系列文章一

GWAS入门前的Q&A

参考资料：Digital-LI 1.SNP的本质属性是什么？什么是allel frequency in population？   SNP是进化过程中随机产生的单点突变，并能稳定地在群体中遗传。其广义上讲是变异：most common type of genetic variation，平级的还有indel、CNV、SV。狭义上讲是标记：biological markers，应为...

Posted by DL on June 23, 2020

FEATURED TAGS
学习笔记 R语言与Bioconductor 生物信息学基础 生信方法 Linux 文献精读 生物学基础 Perl Python 生物信息学题目 科研思路 RNA-seq BS-seq 读书笔记 领域最前沿 CRISPR-Cas9 scRNA-seq GWAS R 群体遗传学 Pain 科研随手记
ABOUT ME

Goals determine what you going to be!

✉️ 20110700034@fudan.edu.cn