LiDing Blog

Thinking will not overcome fear but action will.

2021-01-20-单细胞转录组分析实战

Seurat学习笔记

参考来源：冻春卷的简书、基迪奥生物 1.准备工作 1.1 项目介绍 A basic overview of Seurat that includes an introduction to: (1) QC and pre-processing，QC和数据预处理 (2) Dimension reduction，降维 (3) Clustering，聚类 (...

Posted by DL on January 20, 2021

2021-01-18-一月第四周的文献精读

人类皮肤衰老的单细胞转录组图谱

文章信息：A Single-Cell Transcriptomic Atlas of Human Skin Aging DEV CELL, 2020 1.A Single-Cell Transcriptomic Atlas of Human Skin Aging 1.1 Highlights Single-cell transcriptional lands...

Posted by DL on January 18, 2021

2021-01-11-一月第三周的文献精读

拉美人群混合

文章信息：Admixture in Latin America: Geographic Structure, Phenotypic Diversity and Self Perception of Ancestry Based on 7,342 Individuals PLoS Genet, 2014 第一部分 Summary and take home message ...

Posted by DL on January 11, 2021

2020-12-31-丁立的十二月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2020.12.08 周二：   当你没有什么可以失去的时候，你会发现一片意料之外的自由之地。 本文来源：《逆转》，马尔科姆·格拉德威尔 著，中信出版社。 2020.12.10 周四：   假设信息填补——你眼中的他人，是75%的自己。   在生活中，我们在对他人做出判断时，因为不完全了解他人，所以会假设他人跟自己一样，并根据自己的经验和价值观填补对他人了解的空白，然后...

Posted by DL on December 31, 2020

2020-12-17-单细胞转录组初探系列二

单细胞优秀示例之Scater包

来源：生信技能树-jimmy-B站 来源：生信技能树-jimmy-github 0.引言 教程，当然是以官网为主，不过看英文笔记有挑战，简略带领大家一起学习咯： Biconductor-Scater 值得提醒的是 2017年 11 月 这个 scater 包经过了重大变革，所以如果大家看到比较旧的教程需要注意一下，通常是无法成功的。 其GitHub的教程：hemberg-la...

Posted by DL on December 17, 2020

2020-12-16-单细胞转录组初探系列一

单细胞优秀示例之scRNA-seq包

来源：生信技能树-jimmy-B站 来源：生信技能树-jimmy-github 1.安装并且加载scRNAseq if (!requireNamespace("Rtsne")) install.packages("Rtsne") if (!requireNamespace("FactoMineR")) install.packages("FactoMineR") if (...

Posted by DL on December 16, 2020

2020-12-04-文献精读6

《Dev Cell》:A Single-Cell Transcriptomic Atlas of Human Skin Aging

文章信息：Resource, Published: November 24, 2020 Highlights 人类皮肤衰老的单细胞转录landscapes 皮肤衰老过程中细胞类型特异性转录网络的失调 HES1或KLF6的细胞类型特异性下调可加速衰老 槲皮素促进衰老的皮肤成纤维细胞的再生 Summar...

Posted by DL on December 4, 2020

2020-11-30-丁立的十一月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2020.11.01 周日：   “超越”“永不放弃”，这就是刘翔的人设。凡事皆有代价，因为这个人设他可以轻松获得巨额代言合同，可以受到万众崇拜，但当他的行为有违这个设定的时候必然也会遭到人们的恶语中伤。   我们总说要勇于做自己，但人生在世，最难的事恰恰就是做自己。因为在别人眼里我们不是“人”，而是他们所认可的“人物设定”，简称“人设”。而这个人设，其实就是人们对我们贴上的“标签”的集...

Posted by DL on November 30, 2020

2020-11-13-Integration and Label Transfer

Seurat_3.0包学习笔记（二）

资料来源：bioinfomics公众号 Seurat3可以对多个单细胞测序数据集进行整合分析，这些方法可以对来自不同的个体、实验条件、测序技术甚至物种中收集来的数据进行整合，旨在识别出不同数据集之间的共享细胞状态(shared cell states)。 这些方法首先识别出不同数据集对之间的“锚(anchors)”，这些anchors代表了个体细胞之间成对的对应...

Posted by DL on November 13, 2020

2020-11-10-Guided Clustering Tutorial

Seurat_3.0包学习笔记（一）

资料来源：bioinfomics公众号 Seurat is an R package designed for QC, analysis, and exploration of single-cell RNA-seq data. Seurat aims to enable users to identify and interpret sources of heterog...

Posted by DL on November 10, 2020

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