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Thinking will not overcome fear but action will.

2020-06-10-单细胞测序系列文章四

单细胞转录组数据处理之数据质控

来源：单细胞天地 一、过滤不合格细胞和基因 拿到表达矩阵后有一个很重要的质控过程，就是根据一些阈值来过滤不合格细胞和基因。细胞的不合格很容易理解， 可能是那个细胞检测到的基因数量太少，或者太多，也许是那个细胞的文库大小异常，都是需要谨慎考虑是否管理它。 基因的不合格，就需要大家对人类参考基因组的注释信息有所背景了。走RNA-seq定量流程，拿到的表达矩阵通常是取决于gt...

Posted by DL on June 10, 2020

2020-06-08-单细胞测序系列文章三

单细胞转录组数据处理之上游分析流程

来源：单细胞天地 一、前言 scRNA-seq技术到目前为止也有一百多个了，但主流的可以大致分为以下几种： Droplet-based: 10X Genomics, inDrop, Drop-seq Plate-based with unique molecular identifiers (UMIs): CEL-seq, MARS-seq ...

Posted by DL on June 8, 2020

2020-06-06-单细胞测序系列文章二

单细胞测序基础知识

来源：单细胞天地 一、单细胞测序 学习scRNA-seq先了解一下Bulk RNA-seq Bulk RNA-seq：   测量一个大的细胞群体中每一个基因的平均表达水平，对比较转录组学（例如比较 不同物种的相同组织） 是有帮助的，但对于研究异质性系统（例如，复杂的组织如脑）还是不够的，对于基因表达的本质研究不够深入。 scRNA-seq：   2009年...

Posted by DL on June 6, 2020

2020-06-05-单细胞测序系列文章一

Illumina提供的单细胞测序工作流程

来源：Illumina官网提供的《单细胞测序工作流程》。 引言   活组织由多种类型的细胞组成，每种细胞类型都有不同的谱系和独特的功能，对组织和器官生物学产生影响， 并最终定义机体整体的生物学功能。每个细胞的谱系和发育阶段决定细胞如何对其他细胞和微环境产生应答。此外，由于随时间产生的随机变化，相同类型细胞的亚群之间以及它们与其他细胞类型之间通常具有遗传异质性。由于存在这种复杂性，...

Posted by DL on June 5, 2020

2020年2月-生物学研究热点

生物类（侧重植物领域）最新科研成果分享

2020年2月第1周 2020.02.01 — Nature 子刊 | 朱健康/王鹏程组合作揭示植物调节渗透压的激酶级联反应通路 来源： iNature 本文链接   该研究表明Raf样蛋白激酶的B2，B3和B4亚家族是磷酸化和激活SnRK2s的上游激酶，在介导渗透胁迫和ABA反应中至关重要，揭示了在高等植物中介导渗透调节和ABA信号传导的上游激酶级联反应。 ...

Posted by DL on March 2, 2020

2020年1月-生物学研究热点

生物类（侧重植物领域）最新科研成果分享

2020年1月第1周 2020.01.02 — 植物逆境中心赵杨组发表综述“植物中脱落酸（ABA）动态调节、信号及功能” 来源： iPlants 本文链接   近日，JIPB在Wiley网站在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/上海植物逆境生物学研究中心赵杨课题组的综述论文 “Abscisic acid dynamics, signaling and fu...

Posted by DL on January 31, 2020

2019年12月-生物学研究热点

生物类（侧重植物领域）最新科研成果分享

2019年12月第1周 2019.12.01 — Nature综述 | 表观遗传研究将遗传与环境和疾病相连接 来源： 章台柳 BioArt 本文链接   近日，来自法国的Giacomo Cavalli和Edith Heard在Nature杂志上发表综述文章Advances in epigenetics link genetics to the environme...

Posted by DL on December 31, 2019

2019年12月-生信领域热点

生信类最新干货分享

2019年12月第1周 2019.12.01 — GEO数据库中国区镜像横空出世 来源： 生信技能树 本文链接   经过个把月的不懈努力，我终于把全部的GEO数据库里面的表达芯片数据都下载并且全部格式化处理成为r数据文件，并且购置一个2万块钱的腾讯云服务器来存放它们，供广大粉丝使用！ 2019.12.02 — 第一个万能芯片探针ID注释平台R包 来源： ...

Posted by DL on December 31, 2019

2019-12-15-《进化生物学》学习笔记

第一篇 生物信息学概述

参考资料：《进化生物学》-陶士珩。 第一章 进化生物学历史与进化要旨 一、达尔文之前的进化论： 拉马克： （1）环境影响生物体：环境改变→生物体发生变异。 环境的多样性决定了生物的多样性环境的变化使生物产生适应性变化。 （2）多元论：生物有向上发展的趋势，多起源。 （3）两个重要的法则：用进废退；获得性状遗传 二...

Posted by DL on December 15, 2019

2019年11月-生物学研究热点

生物类（侧重植物领域）最新科研成果分享

2019年11月第1周 2019.11.04 — 一键了解基因的所有同源基因及进化关系 来源： 植物科学最前沿 https://mp.weixin.qq.com/s/VV8CPpoOiP5A5uVXMIYFvg   该研究团队设计了Gcorn plant数据库，用于检索感兴趣的植物基因的同源性和进化信息。其中共包括62种陆生植物和11种绿藻，共含有2682261个...

Posted by DL on December 1, 2019

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