LiDing Blog

Thinking will not overcome fear but action will.

2019年12月-生物学研究热点

生物类（侧重植物领域）最新科研成果分享

2019年12月第1周 2019.12.01 — Nature综述 | 表观遗传研究将遗传与环境和疾病相连接 来源： 章台柳 BioArt 本文链接   近日，来自法国的Giacomo Cavalli和Edith Heard在Nature杂志上发表综述文章Advances in epigenetics link genetics to the environme...

Posted by DL on December 31, 2019

2019年12月-生信领域热点

生信类最新干货分享

2019年12月第1周 2019.12.01 — GEO数据库中国区镜像横空出世 来源： 生信技能树 本文链接   经过个把月的不懈努力，我终于把全部的GEO数据库里面的表达芯片数据都下载并且全部格式化处理成为r数据文件，并且购置一个2万块钱的腾讯云服务器来存放它们，供广大粉丝使用！ 2019.12.02 — 第一个万能芯片探针ID注释平台R包 来源： ...

Posted by DL on December 31, 2019

2019-12-15-《进化生物学》学习笔记

第一篇 生物信息学概述

参考资料：《进化生物学》-陶士珩。 第一章 进化生物学历史与进化要旨 一、达尔文之前的进化论： 拉马克： （1）环境影响生物体：环境改变→生物体发生变异。 环境的多样性决定了生物的多样性环境的变化使生物产生适应性变化。 （2）多元论：生物有向上发展的趋势，多起源。 （3）两个重要的法则：用进废退；获得性状遗传 二...

Posted by DL on December 15, 2019

2019年11月-生物学研究热点

生物类（侧重植物领域）最新科研成果分享

2019年11月第1周 2019.11.04 — 一键了解基因的所有同源基因及进化关系 来源： 植物科学最前沿 https://mp.weixin.qq.com/s/VV8CPpoOiP5A5uVXMIYFvg   该研究团队设计了Gcorn plant数据库，用于检索感兴趣的植物基因的同源性和进化信息。其中共包括62种陆生植物和11种绿藻，共含有2682261个...

Posted by DL on December 1, 2019

2019年11月-生信领域最前沿

生信类最新分享

2019年11月第1周 2019.11.02 — 数据可视化基本套路总结 来源： lingludi 生信宝典 https://mp.weixin.qq.com/s/ZPLzb6kJ1zFPWRZMTBJOMg 2019年11月第2周 2019.11.03 — NAR |非编码RNA相互作用数据库NPInter v4.0 来源： 生信宝典 ht...

Posted by DL on December 1, 2019

2019-11-20-CRISPR/Cas9系列文章五

第五篇 CRISPR-Cas9实验流程

参考资料：水稻多基因敲除系统–中国水稻研究所 王克剑实验室 1. 原理   利用Cas9 蛋白在多个gRNA 引导下对基因组多个特异区段产生双链断裂的特性，创制水稻基因组定点突变体（见图1）。 2. 系统特点 快捷：编辑4个以内位点，可以进行载体的快速构建。 高效：一次转化，高频率创制多突变体。 无限：理论上可以同时...

Posted by DL on November 20, 2019

2019-11-19-CRISPR/Cas9系列文章四

第四篇 CRISPR-Cas9实验流程

参考资料：CRISPR实验流程 一、利用Cas9质粒建立knock-out 细胞系实验的详细过程 1.1 确定待敲除基因的靶位点 1.2 设计识别靶位点的识别的一对DNAOligo（引物） 1.3 构建表达sgRNA的质粒 1.4 sgRN活性检测 1.5 利用Cas9质粒建立knock-out细胞系 1.1 确定待敲除基因的靶位点   根据提供的物种...

Posted by DL on November 19, 2019

2019-11-18-CRISPR/Cas9系列文章三

第三篇 CRISPR-Cas9基因敲除原理及其应用

参考资料：Genloci Classic CRISPR-Cas9内部操作流程 1. 知识回顾   CRISPR（clustered，regularly interspaced，short palindromic repeats）是一种来自细菌降解入侵的病毒DNA或其他外源DNA的免疫机制。在细菌及古细菌中，CRISPR系统共分成3类，其中I类和Ⅲ类需要多种CRISPR相关蛋白（C...

Posted by DL on November 18, 2019

2019-11-15-CRISPR/Cas9系列文章二

第二篇 张峰protocol介绍

参考资料：protocol-使用CRISPR-Cas9系统进行基因编辑   CRISPR-Cas是细菌用来抵抗外来生物抵御系统。经过广谱检测，人们发现了三种主要的CRISPR系统，它们由CRISPR-associated (Cas)基因、非编码rna和一组独特的重复元素(直接重复)组成，而这些重复序列则由来自外源性DNA靶点(即原间隔体)的短可变序列直接间隔开来；重复序列+间隔...

Posted by DL on November 15, 2019

2019-11-14-CRISPR/Cas9系列文章一

第一篇 CRISPR-Cas9系统简介

参考资料：CRISPR-Cas9系统简介 一、背景 1.1 目前已有的基因编辑技术 （1）锌指核酸内切酶(zinc finger endonuclease，ZFN)：是第一代人工核酸内切酶。锌指是一类能够结合DNA的蛋白质，人类细胞的转录因子中大约有一半含有锌指结构，ZFN 是将锌指蛋白与核酸内切酶 Fok I融合形成的核酸内切酶，利用它可以在各种复杂基因组的特...

Posted by DL on November 14, 2019

FEATURED TAGS
学习笔记 R语言与Bioconductor 生物信息学基础 生信方法 Linux 文献精读 生物学基础 Perl Python 生物信息学题目 科研思路 RNA-seq BS-seq 读书笔记 领域最前沿 CRISPR-Cas9 scRNA-seq GWAS R 群体遗传学 Pain 科研随手记
ABOUT ME

Goals determine what you going to be!

✉️ 20110700034@fudan.edu.cn