LiDing Blog

Thinking will not overcome fear but action will.

2019-08-31-丁立的八月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2019.08.13 周二： 读书笔记：爱因斯坦《我的世界观》   我们这些活在世上的人真是奇怪！每个人来到世上都只是匆匆过客。目的何在，无人清楚，虽然人们有时自认为有所感悟。不用做过深的思考，仅从日常生活的角度看，有一点我们是清楚的：我们是为其他人而活着的一—首先是为了那些人，他们的欢乐与安康与我们自身的幸福息息相关；其次是为了那些素昧平生的人，同情的纽带将他们的命运与我们联系在一起。...

Posted by DL on August 31, 2019

2019-08-28-第四周 根据差异基因进行富集分析及解读

学转录组入门生信系列文章五

来源：生信媛公众号。 第四周根据差异基因进行富集分析及解读。本周的学习简单来说可以分为两个阶段： 第一阶段：一代富集分析——GO和KEGG 1. 使用biomaRt包注释差异基因信息 FPKM的计算 理解gene id 转化ENSEMBL id到gene symbol及gene features or...

Posted by DL on August 28, 2019

2019-08-28-第三周 R语言和学习DESeq2

学转录组入门生信系列文章四

来源：生信媛公众号。 本周的学习简单来说可以分为两个阶段： 第一阶段：R语言入门 本周我们需要学习如何安装R语言以及如何入门，随后我们需要学习R语言的基础命令和数据类型，接着我们学习如何安装R包，查阅帮助文档；同时我们需要学习如何使用R project管理我们的项目，整合我们的数据，最后在DEseq2包的帮助下，我们使用上周学习获得的表达矩阵计算得到差异基因： 1. R语言...

Posted by DL on August 28, 2019

2019-08-28-第二周 来获取表达量矩阵

学转录组入门生信系列文章三

来源：生信媛公众号。 我们第二周目标有四个: 整理数据RNA-seq格式 了解数据质控 数据比对 read定量 首先，我们得要知道我们在转录组分析过程中会遇到很多格式，建议先通过搜索查找了解这些格式是什么 fasta/fas/fa gtf/gff ...

Posted by DL on August 28, 2019

2019-08-28-第一周 从环境配置开始

学转录组入门生信系列文章二

来源：生信媛公众号。 我们第一周目标有三个: 熟悉Linux环境 登录服务器 Linux基本命令 PATH的意义 学习conda管理环境 如何在con...

Posted by DL on August 28, 2019

2019-08-28-一个月能通过转录组入门生信吗？

学转录组入门生信系列文章

来源：生信媛公众号。 ##【专题一】通过重现Nature文献相关Figure掌握RNA-seq基本思路 前言背景  人类外周血的造血细胞谱系都起源于造血干细胞，但是在哺乳动物胚胎中，却是谱系限制性祖细胞先出现，然后再出现造血干细胞。  研究表明，在小鼠胚胎发育的7.5天(yolk sac时期)就出现在红系髓系祖细胞及淋巴系祖细胞，而在10.5天的时候才出现造血干细胞，这个逆分...

Posted by DL on August 28, 2019

2019-06-31-丁立的六月读书笔记

读书笔记

2019.06.09 周日：   今天看到nature neuroscience上的一篇文章，题名如上，很是有趣。有些创伤可以在世代之间进行传递，比如著名的“海明威魔咒”，从生物学的角度来说，这叫做“基因的表观遗传修饰”，是可遗传的。本文以小鼠为实验对象，以刺激性气味应激为处理，使用气味惊恐分数对后代小鼠进行评估，从而证明了应激性的环境所导致的行为改变，是可以通过改变个体DNA表观修饰...

Posted by DL on July 1, 2019

2019-06-30-生物信息学实用工具整理

生物信息干货

参考资料：《基迪奥-生物信息学实用工具与教程》 1. 在线表格处理： OmicShare云平台 –http://www.omicshare.com/tools/ 2. 简易heatmap图绘制： OmicShare云平台 –http://www.omicshare.com/tools/ 3. 有向调控网络图（类似cytoscape）： OmicShare云平台...

Posted by DL on June 30, 2019

2019-06-02-文献精读4

Antisense transcription regulates the expression of sense gene via alternative polyadenylation

Title: Antisense transcription regulates the expression of sense gene via alternative polyadenylation 反义转录通过选择性多聚腺苷酸化调控有义基因的表达 Abstract:   Natural antisense transcripts (NAT) and alternative po...

Posted by DL on June 2, 2019

2019-05-03-文献精读3

Position-specific intron retention is mediated by the histone methyltransferase SDG725senescence

Title: Position-specific intron retention is mediated by the histone methyltransferase SDG725 位置特异性内含子保留由组蛋白甲基转移酶SDG725介导 Abstract:   Background: Intron retention (IR), the most prevalent alter...

Posted by DL on May 3, 2019

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