丁立的博客 | LiDing Blog

2019-01-13-什么是转座子

转座子的分类及在植物中的分布

参考来源：BioArt植物–曹务强第一部分转座子的分类 1.1 前言相信只要学过高中生物的人，一定对孟德尔的豌豆实验印象深刻。那你一定还记得那一对黄色圆粒和绿色皱粒的豌豆，正是它们把我们引入了神奇的遗传学世界。不过，我猜你一定想不到，这样一对为人类打开遗传学大门的钥匙，竟然是转座子的杰作。其实，上述豌豆皱粒的表型正是由于一个转座子插入淀粉分支酶基因中，导致基因失活...

Posted by DL on January 13, 2019

2019-01-10-DNA甲基化测序数据处理系列3

第三部分--实战篇之差异分析

参考来源1：https://www.jianshu.com/p/5d7e550abc1a 参考来源2：https://www.jianshu.com/p/971ff2ee533a 参考来源3：https://www.plob.org/article/10843.html 第三部分实战篇之差异分析 1. 前言衔接上一部分数据比对后的结果，使用R包DSS进行...

Posted by DL on January 10, 2019

2019-01-08-DNA甲基化测序数据处理系列2

第二部分--实战篇之数据比对

参考来源1：https://www.jianshu.com/p/5d7e550abc1a 参考来源2：https://www.jianshu.com/p/971ff2ee533a 参考来源3：https://www.plob.org/article/10843.html 第二部分实战篇之数据比对 1. 数据处理（使用Bismark软件处理） 1.1 软件安...

Posted by DL on January 8, 2019

2019-01-06-DNA甲基化测序数据处理系列1

第一部分--DNA甲基化及测序方法介绍

参考来源1：https://www.jianshu.com/p/5d7e550abc1a 参考来源2：https://www.jianshu.com/p/971ff2ee533a 参考来源3：https://www.plob.org/article/10843.html 第一部分 DNA甲基化 1. DNA甲基化背景知识 DNA甲基化是表观遗传学(Epi...

Posted by DL on January 6, 2019

2019-01-02-Linux去可视化命令

精简实用的Linux命令

正所谓前人栽树，后人乘凉。感谢生信技能树公众号中整理的Linux知识点。前言 Linux特点优点：批量、高效、多用户。缺点：不同于通常使用习惯的Windows或者Mac系统的鼠标可视化操作。 1. Linux去可视化的命令行 top: 实时动态地查看系统的整体运行情况 sleep 10 ：睡眠10秒 &：任务在后台运行 ps -ef :...

Posted by DL on January 2, 2019

2019-01-01-Bioconductor中的Gene Expression Workflow

（原创翻译1）-gene-level exploratory analysis and differential expression

摘要本文，我们将使用Bioconductor包进行端对端基因水平的RNA-seq差异表达分析。我们将从FASTQ文件开始，显示这些数据如何被比对到参考基因组以及如何准备一个计数矩阵（该计数矩阵计算：每个样品中的每个基因内RNA-seq reads/fragments的数量）。我们会进行探索性数据分析（目的是评估测序数据的质量），接着探索不同样本之间的关系，最后进行差异表达基因分析及结果...

Posted by DL on January 1, 2019

2018-12-30-RNA-seq分析流程整理

水稻GSE81436的RNA-seq分析流程(Cr-DJ_osddm1a1b)

正所谓前人栽树，后人乘凉。本文参考来源：《RNA-seq数据分析实用方法》、《生物信息学计算技术和软件导论》、《新一代测序数据分析》、网上的博客及本人自己的RNA-seq分析过程。一、数据准备双端测序的fastq文件：control_1.fastq、control_2.fastq、treatment_1.fastq、treatment_2.fastq...

Posted by DL on December 30, 2018

2018-12-13-Linux十大常用命令

罗静初老师版本

命令1： mkdir 用途：创建目录实例1：mkdir do 含义：在当前目录下创建名为do的子目录实例2：mkdir do/align 含义：在子目录do下创建名为align的子目录（子目录do已经存在）实例3：mkdir -p hba/tree 含义：在当前目录下创建名为hba的子目录。并在子目录下创建名为tree的子目录命令2：rmdir 用途：删除目录实例1...

Posted by DL on December 13, 2018

2018-12-10-科研思路2

植物抗性基因家族分析所用到的数据库和软件

本文主要引自《植物科学最前沿》公众号的文章。 1. 基因组序列及注释信息下载 NCBI官网下载：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 水稻全基因组注释计划：https://rice.plantbiology.msu.edu/ Ensembl下载地址：http://plants.ensembl.org/index.html phytozome...

Posted by DL on December 10, 2018

2018-12-09-基因家族科研思路1

植物抗性基因家族思路解析

本文参考了部分文献及《植物研究进展》、《植物科学最前沿》公众号的三篇文章。本文主要以本人所做的水稻NBS-LRR基因家族的分析为例。 1. 基因家族的鉴定首先根据pfam数据库中NBS-LRR基因家族的的保守结构域NBS（PF00931）信息，利用HMMER软件构建种子序列，并对日本晴全基因组蛋白质序列进行搜索，如果存在该结构域，则判定为NBS-LR...

Posted by DL on December 9, 2018

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