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Thinking will not overcome fear but action will.

2019-04-30-生物信息学100个基础问题

第十一到第二十题

参考资料：孟浩巍博士的知乎：https://zhuanlan.zhihu.com/ngs-learning 第十一题 使用cutadapt去除adapter   在生物信息学100个基础问题 —— 第10题 读懂FastQC报告之adapter与kmer中，我们知道，测序结果中可能会有若干条序列存在adapter的信息，而adapter的信息一般是不在基因组上存在的。所以，在比对...

Posted by DL on April 30, 2019

2019-04-15-生物信息学100个基础问题

第一到第十题

参考资料：孟浩巍博士的知乎：​https://zhuanlan.zhihu.com/ngs-learning 第一题 FASTQ与FASTA 1.1 掌握FASTQ格式 1.1.1 格式有什么特点？ fastq内容格式有4行： 第1行主要储存序列测序时的坐标等信息； 举个例子： @ST-E00126:128:HJFLHCCXX:2:1101:7405:1133 ...

Posted by DL on April 15, 2019

2019-04-12-文献精读2

3′ UTR lengthening as a novel mechanism in regulating cellular senescence

Title: 3′ UTR lengthening as a novel mechanism in regulating cellular senescence 3’UTR延长作为调节细胞衰老的新机制 Abstract:   Cellular senescence has been viewed as a tumor suppression mechanism and also as...

Posted by DL on April 12, 2019

2019-03-26-文献精读1

Alternative polyadenylation dependent function of splicing factor SRSF3 contributes to cellular senescence

Title: Alternative polyadenylation dependent function of splicing factor SRSF3 contributes to cellular senescence 剪接因子SRSF3的选择性多聚腺苷酸化依赖性功能有助于细胞衰老 Abstract:   Down-regulated splicing factor SRSF...

Posted by DL on March 26, 2019

2019-01-30-《Bioinformatics and Functional Genomics》读书笔记

第二章 序列数据检索

参考资料：《Bioinformatics and Functional Genomics》、《生物信息学基础》。 第2章 序列数据检索 2.1 存储DNA序列的集成式数据库 从1982年到现在，一直负责存储核苷酸序列的有以下三大网站： ①位于Bethesda的美国国立卫生研究院（NIH）的国家生物技术信息中心（NCBI）的GenBank； ...

Posted by DL on January 30, 2019

2019-01-19-《Bioinformatics and Functional Genomics》读书笔记

第一章 生物信息学概述

参考资料：《Bioinformatics and Functional Genomics》、《生物信息学基础》。 第1章 概论 我们先来看两张图，感受一下海量信息的奇妙： 1. 生物信息学的两个定义 本书对生物信息学的定义   Bioinformatics is the use of computer databases and computer algorithm...

Posted by DL on January 19, 2019

2019-01-16-日本晴水稻相关的实用tips

基因格式转换及下游分析

1. 日本晴的基因ID转换   到目前为止，主要有两个团队对日本晴全基因组进行了注释，分别是The Rice Annotation Project (RAP)（https://rapdb.dna.affrc.go.jp/index.html）和Rice Genome Annotation Project （RGAP7，MSU）（http://rice.plantbiology.msu.ed...

Posted by DL on January 16, 2019

2019-01-13-什么是转座子

转座子的分类及在植物中的分布

参考来源：BioArt植物–曹务强 第一部分 转座子的分类 1.1 前言   相信只要学过高中生物的人，一定对孟德尔的豌豆实验印象深刻。那你一定还记得那一对黄色圆粒和绿色皱粒的豌豆，正是它们把我们引入了神奇的遗传学世界。不过，我猜你一定想不到，这样一对为人类打开遗传学大门的钥匙，竟然是转座子的杰作。其实，上述豌豆皱粒的表型正是由于一个转座子插入淀粉分支酶基因中，导致基因失活...

Posted by DL on January 13, 2019

2019-01-10-DNA甲基化测序数据处理系列3

第三部分--实战篇之差异分析

参考来源1：https://www.jianshu.com/p/5d7e550abc1a 参考来源2：https://www.jianshu.com/p/971ff2ee533a 参考来源3：https://www.plob.org/article/10843.html 第三部分 实战篇之差异分析 1. 前言 衔接上一部分数据比对后的结果，使用R包DSS进行...

Posted by DL on January 10, 2019

2019-01-08-DNA甲基化测序数据处理系列2

第二部分--实战篇之数据比对

参考来源1：https://www.jianshu.com/p/5d7e550abc1a 参考来源2：https://www.jianshu.com/p/971ff2ee533a 参考来源3：https://www.plob.org/article/10843.html 第二部分 实战篇之数据比对 1. 数据处理（使用Bismark软件处理） 1.1 软件安...

Posted by DL on January 8, 2019

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