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Thinking will not overcome fear but action will.

2019-08-28-第二周 来获取表达量矩阵

学转录组入门生信系列文章三

来源：生信媛公众号。 我们第二周目标有四个: 整理数据RNA-seq格式 了解数据质控 数据比对 read定量 首先，我们得要知道我们在转录组分析过程中会遇到很多格式，建议先通过搜索查找了解这些格式是什么 fasta/fas/fa gtf/gff ...

Posted by DL on August 28, 2019

2019-08-28-第一周 从环境配置开始

学转录组入门生信系列文章二

来源：生信媛公众号。 我们第一周目标有三个: 熟悉Linux环境 登录服务器 Linux基本命令 PATH的意义 学习conda管理环境 如何在con...

Posted by DL on August 28, 2019

2019-08-28-一个月能通过转录组入门生信吗？

学转录组入门生信系列文章

来源：生信媛公众号。 ##【专题一】通过重现Nature文献相关Figure掌握RNA-seq基本思路 前言背景  人类外周血的造血细胞谱系都起源于造血干细胞，但是在哺乳动物胚胎中，却是谱系限制性祖细胞先出现，然后再出现造血干细胞。  研究表明，在小鼠胚胎发育的7.5天(yolk sac时期)就出现在红系髓系祖细胞及淋巴系祖细胞，而在10.5天的时候才出现造血干细胞，这个逆分...

Posted by DL on August 28, 2019

2019-06-31-丁立的六月读书笔记

读书笔记

2019.06.09 周日：   今天看到nature neuroscience上的一篇文章，题名如上，很是有趣。有些创伤可以在世代之间进行传递，比如著名的“海明威魔咒”，从生物学的角度来说，这叫做“基因的表观遗传修饰”，是可遗传的。本文以小鼠为实验对象，以刺激性气味应激为处理，使用气味惊恐分数对后代小鼠进行评估，从而证明了应激性的环境所导致的行为改变，是可以通过改变个体DNA表观修饰...

Posted by DL on July 1, 2019

2019-06-30-生物信息学实用工具整理

生物信息干货

参考资料：《基迪奥-生物信息学实用工具与教程》 1. 在线表格处理： OmicShare云平台 –http://www.omicshare.com/tools/ 2. 简易heatmap图绘制： OmicShare云平台 –http://www.omicshare.com/tools/ 3. 有向调控网络图（类似cytoscape）： OmicShare云平台...

Posted by DL on June 30, 2019

2019-06-02-文献精读4

Antisense transcription regulates the expression of sense gene via alternative polyadenylation

Title: Antisense transcription regulates the expression of sense gene via alternative polyadenylation 反义转录通过选择性多聚腺苷酸化调控有义基因的表达 Abstract:   Natural antisense transcripts (NAT) and alternative po...

Posted by DL on June 2, 2019

2019-05-03-文献精读3

Position-specific intron retention is mediated by the histone methyltransferase SDG725senescence

Title: Position-specific intron retention is mediated by the histone methyltransferase SDG725 位置特异性内含子保留由组蛋白甲基转移酶SDG725介导 Abstract:   Background: Intron retention (IR), the most prevalent alter...

Posted by DL on May 3, 2019

2019-04-30-生物信息学100个基础问题

第十一到第二十题

参考资料：孟浩巍博士的知乎：https://zhuanlan.zhihu.com/ngs-learning 第十一题 使用cutadapt去除adapter   在生物信息学100个基础问题 —— 第10题 读懂FastQC报告之adapter与kmer中，我们知道，测序结果中可能会有若干条序列存在adapter的信息，而adapter的信息一般是不在基因组上存在的。所以，在比对...

Posted by DL on April 30, 2019

2019-04-15-生物信息学100个基础问题

第一到第十题

参考资料：孟浩巍博士的知乎：​https://zhuanlan.zhihu.com/ngs-learning 第一题 FASTQ与FASTA 1.1 掌握FASTQ格式 1.1.1 格式有什么特点？ fastq内容格式有4行： 第1行主要储存序列测序时的坐标等信息； 举个例子： @ST-E00126:128:HJFLHCCXX:2:1101:7405:1133 ...

Posted by DL on April 15, 2019

2019-04-12-文献精读2

3′ UTR lengthening as a novel mechanism in regulating cellular senescence

Title: 3′ UTR lengthening as a novel mechanism in regulating cellular senescence 3’UTR延长作为调节细胞衰老的新机制 Abstract:   Cellular senescence has been viewed as a tumor suppression mechanism and also as...

Posted by DL on April 12, 2019

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