LiDing Blog

Thinking will not overcome fear but action will.

2018-12-09-基因家族科研思路1

植物抗性基因家族思路解析

本文参考了部分文献及《植物研究进展》、《植物科学最前沿》公众号的三篇文章。 本文主要以本人所做的水稻NBS-LRR基因家族的分析为例。 1. 基因家族的鉴定 首先根据pfam数据库中NBS-LRR基因家族的的保守结构域NBS（PF00931）信息，利用HMMER软件构建种子序列，并对日本晴全基因组蛋白质序列进行搜索，如果存在该结构域，则判定为NBS-LR...

Posted by DL on December 9, 2018

2018-12-05-《Mechanisms of Gene Regulation》读书笔记

第四篇 非编码RNA篇（第13章）

在蛋白质编码基因外还存在广泛的转录现象。转录的ncRNA和假基因有助于解释已注释的基因和基因间区之间的相互联系。 ncRNA的功能差异很大，例如，miRNA可以调控基因表达，snoRNA参与RNA加工，而tRNA和rRNA参与蛋白质合成等。此外，全长的ncRNA本身也具有生物学功能，如控制染色质的可接近性。 成熟miRNA的典型长度为2...

Posted by DL on December 5, 2018

2018-12-04-《Mechanisms of Gene Regulation》读书笔记

第三篇 染色质篇（第10、11、12章）

第十章 表观基因组 通过将相同的染色质标记遗传给子细胞，遗传信息便从一个细胞传递给它的后代。 DNA甲基化被设定为用于细胞的长期信息储存。DNA甲基化不是对胞外信号产生的应答，而是一个遗传下来的基因抑制机制。在某些类型的细胞中，DNA甲基化是不必要的。在正常人类细胞中，仅3% ~ 6%的胞嘧啶被甲基化，并且CpG岛大多未被甲基化。 C...

Posted by DL on December 4, 2018

2018-12-03-《Mechanisms of Gene Regulation》读书笔记

第三篇 染色质篇（第8、9章）

第八章 染色质修饰因子 8.1 组蛋白密码模型 组蛋白是许多翻译后修饰的靶标，特别是在它们的氨基末端尾巴上，可以发生甲基化、乙酰化、磷酸化、泛素化和ADP核糖基化等多种翻译后修饰。 组蛋白密码模型是目前解释组蛋白修饰在转录调控中作用的最通用模型。 组蛋白密码模型显示，组蛋白修饰调控核小体结构，且多种组蛋白修饰以组合的方式行使功能，...

Posted by DL on December 3, 2018

2018-12-02-《Mechanisms of Gene Regulation》读书笔记

第二篇 转录因子篇（第5、6、7章）

第五章 信号转导与基因调控 潜在转录因子参与了一些重要的信号转导途径，这些途径由关键蛋白介导并以此命名，如SMAD、STAT、NFKB、Hedgehog、Wnt、Notch和NFAT。所有这些途径的关键点是转录因子从细胞质转移到细胞核。 转录因子调控网络是生物网络的一种特殊形式，它显示了多个转录因子与不同组织中的靶基因、细胞背景和时间点的复杂联系。 ...

Posted by DL on December 2, 2018

2018-12-01-《Mechanisms of Gene Regulation》读书笔记

第二篇 转录因子篇（第3、4章）

第3章 基础转录机器 3.1 核心启动子 转录因子结合到远端增强子上，招募大量辅激活因子，在成环的条件下，对靶基因的转录活动产生影响。 通过这种方式，转录因子可以接触到核心启动子区域，在核心启动子区域，PolⅡ与大量的通用转录因子组装在一起。 核心启动子位于TSS上下游50bp的一段基因组区域。 3.2 TATA框 ...

Posted by DL on December 1, 2018

2018-11-30-《Mechanisms of Gene Regulation》读书笔记

第一篇 概述（第1、2章）

第1章 介绍：什么是基因表达？ 1.1 分子生物学的中心法则 决定一个有机体命运的关键：哪些因素和信号在时间和空间上控制基因的表达。 对RNA进行定量：qPCR、Microarray、RNA-seq。 1.1 补充延伸–“组学”的定义 基因组：生物体内完整的单倍体DNA序列，由所有编码基因和更大的非编码区域组成。 转录组：一个组织或细胞...

Posted by DL on November 30, 2018

2018-11-21-编程实战题

生信技能树20个题目

正所谓前人栽树，后人乘凉。 感谢曾健明、沈梦圆提供的生信题目。 编程实战题 列出我们板块的人气最旺的20个题目，作为第五章节学习后的复习题目。 1.生信编程很简单 编程语言系统入门 生信分析人员如何系统入门python? 生信分析人员如何系统入门perl？ 生信分析人员如何系统入门R？ 生信分析人员如何系统入门Linux？ 题目 对FASTQ的...

Posted by DL on November 21, 2018

2018-11-20-生物信息学数据库资源

常用生信数据库的介绍

正所谓前人栽树，后人乘凉。 感谢铁汉前辈辛勤整理的资料。 1. 生物信息学数据库资源 1.1 前言 做数据分析常常会需要用到参考基因组和注释文件，还会需要分析公共数据，了解常见的生物信息学数据库资源也是非常有必要的！故本章首先介绍常用的参考基因组和注释文件，然后介绍生物信息常用的数据库资源如：NCBI，Ensembl，UCSC，ENCODE，GENCODE，TCGA，10...

Posted by DL on November 20, 2018

2018-11-19-生物信息学入门最佳实践

生物信息学习流程

正所谓前人栽树，后人乘凉。 感谢思考问题的熊博士提供的详细而全面的资料。 1. 前言 首先：通过可视化方法来熟练使用基于linux系统的服务器， 接着：实践两三个NGS组学数据分析流程，实践过程需要学习获得数据格式，数据库资源等生物信息学背景。 在此基础上：学习perl/python/R的编程基础，并应用于NGS组学数据分析的下游，个性化分析。 2. ...

Posted by DL on November 19, 2018

FEATURED TAGS
学习笔记 R语言与Bioconductor 生物信息学基础 生信方法 Linux 文献精读 生物学基础 Perl Python 生物信息学题目 科研思路 RNA-seq BS-seq 读书笔记 领域最前沿 CRISPR-Cas9 scRNA-seq GWAS R 群体遗传学 Pain
ABOUT ME

Goals determine what you going to be!

✉️ 20110700034@fudan.edu.cn