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Thinking will not overcome fear but action will.

2019-01-06-DNA甲基化测序数据处理系列1

第一部分--DNA甲基化及测序方法介绍

参考来源1：https://www.jianshu.com/p/5d7e550abc1a 参考来源2：https://www.jianshu.com/p/971ff2ee533a 参考来源3：https://www.plob.org/article/10843.html 第一部分 DNA甲基化 1. DNA甲基化背景知识   DNA甲基化是表观遗传学(Epi...

Posted by DL on January 6, 2019

2019-01-02-Linux去可视化命令

精简实用的Linux命令

正所谓前人栽树，后人乘凉。 感谢生信技能树公众号中整理的Linux知识点。 前言 Linux特点 优点：批量、高效、多用户。 缺点：不同于通常使用习惯的Windows或者Mac系统的鼠标可视化操作。 1. Linux去可视化的命令行 top: 实时动态地查看系统的整体运行情况 sleep 10 ：睡眠10秒 &：任务在后台运行 ps -ef :...

Posted by DL on January 2, 2019

2019-01-01-Bioconductor中的Gene Expression Workflow

（原创翻译1）-gene-level exploratory analysis and differential expression

摘要   本文，我们将使用Bioconductor包进行端对端基因水平的RNA-seq差异表达分析。我们将从FASTQ文件开始，显示这些数据如何被比对到参考基因组以及如何准备一个计数矩阵（该计数矩阵计算：每个样品中的每个基因内RNA-seq reads/fragments的数量）。我们会进行探索性数据分析（目的是评估测序数据的质量），接着探索不同样本之间的关系，最后进行差异表达基因分析及结果...

Posted by DL on January 1, 2019

2018-12-30-RNA-seq分析流程整理

水稻GSE81436的RNA-seq分析流程(Cr-DJ_osddm1a1b)

正所谓前人栽树，后人乘凉。 本文参考来源：《RNA-seq数据分析实用方法》、《生物信息学计算技术和软件导论》、《新一代测序数据分析》、网上的博客及本人自己的RNA-seq分析过程。 一、数据准备 双端测序的fastq文件：control_1.fastq、control_2.fastq、treatment_1.fastq、treatment_2.fastq...

Posted by DL on December 30, 2018

2018-12-13-Linux十大常用命令

罗静初老师版本

命令1： mkdir 用途：创建目录 实例1：mkdir do 含义：在当前目录下创建名为do的子目录 实例2：mkdir do/align 含义：在子目录do下创建名为align的子目录（子目录do已经存在） 实例3：mkdir -p hba/tree 含义：在当前目录下创建名为hba的子目录。并在子目录下创建名为tree的子目录 命令2：rmdir 用途：删除目录 实例1...

Posted by DL on December 13, 2018

2018-12-10-科研思路2

植物抗性基因家族分析所用到的数据库和软件

本文主要引自《植物科学最前沿》公众号的文章。 1. 基因组序列及注释信息下载 NCBI官网下载：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 水稻全基因组注释计划：https://rice.plantbiology.msu.edu/ Ensembl下载地址：http://plants.ensembl.org/index.html phytozome...

Posted by DL on December 10, 2018

2018-12-09-基因家族科研思路1

植物抗性基因家族思路解析

本文参考了部分文献及《植物研究进展》、《植物科学最前沿》公众号的三篇文章。 本文主要以本人所做的水稻NBS-LRR基因家族的分析为例。 1. 基因家族的鉴定 首先根据pfam数据库中NBS-LRR基因家族的的保守结构域NBS（PF00931）信息，利用HMMER软件构建种子序列，并对日本晴全基因组蛋白质序列进行搜索，如果存在该结构域，则判定为NBS-LR...

Posted by DL on December 9, 2018

2018-12-05-《Mechanisms of Gene Regulation》读书笔记

第四篇 非编码RNA篇（第13章）

在蛋白质编码基因外还存在广泛的转录现象。转录的ncRNA和假基因有助于解释已注释的基因和基因间区之间的相互联系。 ncRNA的功能差异很大，例如，miRNA可以调控基因表达，snoRNA参与RNA加工，而tRNA和rRNA参与蛋白质合成等。此外，全长的ncRNA本身也具有生物学功能，如控制染色质的可接近性。 成熟miRNA的典型长度为2...

Posted by DL on December 5, 2018

2018-12-04-《Mechanisms of Gene Regulation》读书笔记

第三篇 染色质篇（第10、11、12章）

第十章 表观基因组 通过将相同的染色质标记遗传给子细胞，遗传信息便从一个细胞传递给它的后代。 DNA甲基化被设定为用于细胞的长期信息储存。DNA甲基化不是对胞外信号产生的应答，而是一个遗传下来的基因抑制机制。在某些类型的细胞中，DNA甲基化是不必要的。在正常人类细胞中，仅3% ~ 6%的胞嘧啶被甲基化，并且CpG岛大多未被甲基化。 C...

Posted by DL on December 4, 2018

2018-12-03-《Mechanisms of Gene Regulation》读书笔记

第三篇 染色质篇（第8、9章）

第八章 染色质修饰因子 8.1 组蛋白密码模型 组蛋白是许多翻译后修饰的靶标，特别是在它们的氨基末端尾巴上，可以发生甲基化、乙酰化、磷酸化、泛素化和ADP核糖基化等多种翻译后修饰。 组蛋白密码模型是目前解释组蛋白修饰在转录调控中作用的最通用模型。 组蛋白密码模型显示，组蛋白修饰调控核小体结构，且多种组蛋白修饰以组合的方式行使功能，...

Posted by DL on December 3, 2018

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