LiDing Blog

Thinking will not overcome fear but action will.

2021-03-10-GWAS操作笔记系列（二）

质控2-2：性别质控

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 1.前言   这个章节，主要是人类性别的信息的质控，主要是根据性染色上SNP的比值，判断性别，然后把性别错误的个体去掉或者更改性别信息。 原理：检查性别差异。先验信息，女性的受试者的F值必须小于0.2，男性的受试者的F值必须大于0.8。这个F值是基于X染色体近交（纯合子）估计。不符合这些要求的受试者被PLINK标记为“PROB...

Posted by DL on March 10, 2021

2021-03-09-GWAS操作笔记系列（二）

质控2-1：缺失质控

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 1.前言 –geno筛选个体；–mind筛选SNP   GWAS分析时，拿到基因型数据，拿到表型数据，要首先做以下几点： 查看自己的表型数据，是否有问题 查看自己的基因型数据，是否有问题   然后再进行建模，得到显著性SNP以及可视化结果。   清洗数据的时间占80%的时间，有句话这样讲：“Garbage ...

Posted by DL on March 9, 2021

2021-03-08-GWAS操作笔记系列（一）

1-下载数据

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 1.前言   这里，总结一下GWAS的学习笔记，GWAS全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择（MAS）或者基因定位，这次学习的教程是plink做GWAS，plink是个很好的软件，但是我之前做GWAS都是使用R包，听说plink和EMMAX做GWAS更快，更好，更容易写出pipeline。就利用...

Posted by DL on March 8, 2021

2021-02-28-丁立的二月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2021.02.05 周五：   养成一种“历史感”很重要。什么是历史感？我理解，就是回到历史上每一个人、每一代人当时的处境里去，重新理解那些活过、挣扎过、死掉的人们在当时所面临的约束下所取得的成就。只有这样看，你才会看到一个真实的现代文明。人类文明的爆发，确实是在过去两百年，但是就像第五个包子你吃饱了，前四个包子并不是没有用一样。   一个人建立了这样的时空感之后，至少心胸会大一点。他...

Posted by DL on February 28, 2021

2021-02-11-单细胞转录组100个关键词

第三部分——第41到第60个关键词

41.可视化单细胞亚群的标记基因的5个方法 参考内容1、参考内容2 42.Cell Ranger软件的相关知识及用法 原理介绍1、原理介绍2、用法介绍1、Cell ranger使用前注意事项、Cell Ranger使用初探、Cell Ranger流程概览、理解cellranger count的结果 43.两种给细胞亚群重命名的方法 levels(seurat_integra...

Posted by DL on February 11, 2021

2021-02-10-单细胞转录组100个关键词

第二部分——第21到第40个关键词

21.标记基因的展示   个位数标记基因可以选择小提琴图和tSNE映射图，十几个标记基因可以选择气泡图，大量标记基因可以选择热图。 22.亚群细胞频率   10X scRNA-seq通常会取多个样本，例如不同发育时期/不同病例发展时期的样本分别开展检测。在分析阶段，各个样本的数据将会被汇总后统一进行细胞分群。那么，各个样本中各类细胞相对比例的变化（某类细胞占总体细胞的百分比）也是非常重...

Posted by DL on February 10, 2021

2021-02-09-单细胞转录组100个关键词

第一部分——第1到第20个关键词

1.什么是单细胞测序   普通测序所提取的RNA（或DNA）源于样本中的多个细胞，所以普通测序的结果不可避免的会受到不同细胞间异质性（Heterogeneity）的影响，而单细胞测序（Single-cell sequencing）则是针对单个细胞的基因组进行测序，能够更好地帮助我们认识细胞与细胞之间的差异。单细胞测序首先不是仅仅对一个细胞进行测序，而是说该项技术能对单一细胞的基因组或转录组...

Posted by DL on February 9, 2021

2021-02-07-二月第一周的protocol精读

人类疼痛敏感性的遗传组成：健康志愿者实验性疼痛的GWAS protocol

文章信息：Genetic components of human pain sensitivity: a protocol for a genome-wide association study of experimental pain in healthy volunteers BMJ, 2019 1.摘要 前言 疼痛是全球疾病负担的主要组成部分。最近的研究表明，...

Posted by DL on February 7, 2021

2021-01-31-丁立的一月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2021.01.01 周五：   在很长一段时间里，中国经济是建立在廉价劳动力和土地要素基础之上的简单经济扩张。因为存在着廉价的生产要素，西方技术迅速向中国扩散。简单地说，西方技术加上中国的劳动力和土地，很快使中国成为世界制造业基地（确切地说，是“组装业基地”）。现在，这种简单扩张的数量型经济已经没有多少空间了，从数量型经济增长到质量型经济增长，技术成为最重要的因素。中国试图通过技术升级来...

Posted by DL on January 31, 2021

2021-01-30-单细胞文献阅读系列一

单细胞RNA-seq数据分析最佳实践

来源：生信宝典 文章信息：Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Mol. Syst. Biol. 2019, 15: e8746. 这篇文章最好的地方不只在于推荐了工具，提供了一套分析流程，更在于详细介绍了有哪些方法可用、什么时...

Posted by DL on January 30, 2021

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