丁立的博客 | LiDing Blog

2021-03-16-GWAS操作笔记系列（三）

关联分析3-2：GLM模型进行GWAS分析+数值协变量

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我本篇主要是介绍一般线性模型（LM）中的linear参数，考虑数值协变量，然后将结果与R语言编程结果比较。 1.协变量文件整理第一列为FID ，第二列为ID ，第三列以后为协变量（注意，只能是数值，不能是字符！）这里协变量文件为：这里第三列为性别，第四列为世代，为了方便操作，我们将世代作为数值，直接进行协变量分析...

Posted by DL on March 16, 2021

2021-03-15-GWAS操作笔记系列（三）

关联分析3-1：GLM模型进行GWAS分析

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 1.前言之前的教程中，我们使用的是别人模拟的数据，数据类型是二分类数据，这里我们模拟一个数量性状的连续性状，做GWAS更有代表性。我们先从没有协变量的一般线性模型（LM）开始，然后加入数据类型的协变量，然后加入因子类型的协变量（这里需要进行虚拟变量的转化），然后将数值协变量和因子变量放在一起作为...

Posted by DL on March 15, 2021

2021-03-14-GWAS操作笔记系列（二）

质控2-6：去掉亲缘关系近的个体

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 1.前言这里，我们要对一些亲子关系的个体，进行一下过滤，计算类似IBS的结果。这里讲亲子关系的个体移除，不是必须要的，比如我们分析的群体里面有亲子关系的个体，想要进行分析，不需要做这一步的筛选。 2.计算pihat > 0.2的组合 plink --bfile HapMap_3_r3_10 --genome --m...

Posted by DL on March 14, 2021

2021-03-13-GWAS操作笔记系列（二）

质控2-5：杂合率检验

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 1.前言一般自然群体，基因型个体的杂合度过高或者过低，都不正常，我们需要根据杂合度进行过滤。偏差可能表明样品受到污染，近亲繁殖。我们建议删除样品杂合率平均值中偏离±3 SD的个体。参数过滤和手动过滤：plink有个特点，所有的过滤标准，都可以生成过滤前的文件，然后可以手动过滤，也可以用参数进行过滤。比如：–mi...

Posted by DL on March 13, 2021

2021-03-12-GWAS操作笔记系列（二）

质控2-4：哈温平衡检验

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 1.前言 1.1 什么是哈温平衡？哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)法则哈迪-温伯格（Hardy-Weinberg）法则是群体遗传中最重要的原理，它解释了繁殖如何影响群体的基因和基因型频率。这个法则是用Hardy,G.H (英国数学家) 和Weinberg，W.（德国医生）两位学者的姓来命名的，他们于同一年（190...

Posted by DL on March 12, 2021

2021-03-11-GWAS操作笔记系列（二）

质控2-3：MAF过滤

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 1.前言上一次我们经过去掉缺失，去掉错误的性别信息，得到的文件为：这里，我们根据最小等位基因频率（MAF）去筛选。为什么要根据MAF去筛选？最小等位基因频率怎么计算？比如一个位点有AA或者AT或者TT，那么就可以计算A的基因频率和T的基因频率，qA + qT = 1，这里谁比较小，谁就是最小等位基因频率...

Posted by DL on March 11, 2021

2021-03-10-GWAS操作笔记系列（二）

质控2-2：性别质控

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 1.前言这个章节，主要是人类性别的信息的质控，主要是根据性染色上SNP的比值，判断性别，然后把性别错误的个体去掉或者更改性别信息。原理：检查性别差异。先验信息，女性的受试者的F值必须小于0.2，男性的受试者的F值必须大于0.8。这个F值是基于X染色体近交（纯合子）估计。不符合这些要求的受试者被PLINK标记为“PROB...

Posted by DL on March 10, 2021

2021-03-09-GWAS操作笔记系列（二）

质控2-1：缺失质控

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 1.前言 –geno筛选个体；–mind筛选SNP GWAS分析时，拿到基因型数据，拿到表型数据，要首先做以下几点：查看自己的表型数据，是否有问题查看自己的基因型数据，是否有问题然后再进行建模，得到显著性SNP以及可视化结果。清洗数据的时间占80%的时间，有句话这样讲：“Garbage ...

Posted by DL on March 9, 2021

2021-03-08-GWAS操作笔记系列（一）

1-下载数据

资料来源：公众号：育种数据分析之放飞自我 1.前言这里，总结一下GWAS的学习笔记，GWAS全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择（MAS）或者基因定位，这次学习的教程是plink做GWAS，plink是个很好的软件，但是我之前做GWAS都是使用R包，听说plink和EMMAX做GWAS更快，更好，更容易写出pipeline。就利用...

Posted by DL on March 8, 2021

2021-02-28-丁立的二月读书笔记

在阅读中探寻自己的迷执与迷途

2021.02.05 周五：养成一种“历史感”很重要。什么是历史感？我理解，就是回到历史上每一个人、每一代人当时的处境里去，重新理解那些活过、挣扎过、死掉的人们在当时所面临的约束下所取得的成就。只有这样看，你才会看到一个真实的现代文明。人类文明的爆发，确实是在过去两百年，但是就像第五个包子你吃饱了，前四个包子并不是没有用一样。一个人建立了这样的时空感之后，至少心胸会大一点。他...

Posted by DL on February 28, 2021

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